Theo Sở Giao thông Vận tải, toàn bộ số thu phí sử dụng công trình, kết cấu hạ tầng, công trình dịch vụ, tiện tích công cộng trong khu vực cửa khẩu cảng biển thành phố (sau khi trừ chi phí phục vụ thu phí) được nộp vào ngân sách thành phố để quản lý và bố trí sử dụng có mục tiêu cho đầu tư, nâng cấp và bảo trì kết cấu hạ tầng giao thông khu vực cửa khẩu cảng biển.
Đối tượng nộp phí là tổ chức, cá nhân kinh doanh hàng hóa tạm nhập - tái xuất, hàng chuyển khẩu, hàng gửi kho ngoại quan, hàng quá cảnh sử dụng công trình kết cấu hạ tầng khu vực cửa khẩu cảng biển; tổ chức, cá nhân kinh doanh hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu sử dụng công trình kết cấu hạ tầng khu vực cửa khẩu cảng biển (bao gồm tổ chức, cá nhân mở tờ khai hải quan tại thành phố và ngoài thành phố).
Riêng tổ chức, cá nhân kinh doanh hàng hóa vận chuyển nội địa sử dụng kết cấu hạ tầng, công trình dịch vụ tiện ích khu vực cửa khẩu cảng biển, sẽ được nghiên cứu xây dựng mức thu khi điều kiện kinh tế, xã hội phù hợp.
Mức thu phí sử dụng công trình kết cấu hạ tầng khu vực cửa khẩu cảng biển TP Hồ Chí Minh dự kiến: Đối với hàng tạm nhập tái xuất, hàng gửi kho ngoại quan, hàng chuyển khẩu, loại xe container 20 feet là 2,2 triệu đồng/container; xe container 40 feet là 4,4 triệu đồng/container; hàng lỏng, hàng rời không đóng trong container là 50.000 đồng/tấn.
Đối với hàng xuất khẩu, nhập khẩu: Hàng hóa xuất, nhập khẩu mở tờ khai ngoài TP Hồ Chí Minh, xe container 20 feet là 500.000 đồng/container; xe container 40 feet là 1 triệu đồng/container; hàng lỏng, hàng rời không đóng trong container là 30.000 đồng/tấn. Đối với hàng hóa xuất, nhập khẩu mở tờ khai tại TP Hồ Chí Minh, xe container 20 feet là 250.000 đồng/container, xe container 40 feet là 500.000 đồng/container; hàng lỏng, hàng rời không đóng trong container là 15.000 đồng/tấn.
Đề án đề xuất miễn thu phí đối với hàng hóa nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng; hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để phục vụ đảm bảo an sinh xã hội, khắc phục hậu quả thiên tai, thảm họa, dịch bệnh.
Thời gian thu phí được chia thành hai giai đoạn. Giai đoạn 1 từ ngày 1/7/2021 đến hết ngày 31/7/2021, tổ chức thu phí tại cụm cảng Cát Lái thuộc quản lý, giám sát của Hải quan Khu vực 1. Trong thời gian này sẽ đánh giá, rút kinh nghiệm và hoàn thiện việc thu phí để triển khai cho các cảng còn lại trên địa bàn. Giai đoạn 2 từ ngày 1/8/2021, tổ chức thu phí cho toàn bộ các cảng trên địa bàn thành phố.