Theo đó, dự án đầu tiên là nâng cấp tuyến vận tải thủy sông Hàm Luông từ ngã ba sông Tiền đến cửa Hàm Luông có chiều dài tuyến 86km cho tàu trọng tải 5.000 DWT, cấp đặc biệt. Đến năm 2020, dự án có bao gồm việc xây dựng một cảng trung chuyển, 2.000 m2 nhà kho, 4.000 m2 bãi và công trình phụ trợ. Đến năm 2030, dự án này xây dựng thêm một cảng, 4.000 m2 nhà kho và 6.000 m2 bãi; vốn đầu tư dự kiến 500 tỷ đồng.
Dự án thứ 2 là cảng Mỹ Thuận xây dựng cảng trên khu đất bến phà Mỹ Thuận cũ, trên tuyến sông Tiền, thuộc tỉnh Tiền Giang, vốn đầu tư dự kiến 20 tỷ đồng.
Dự án thứ 3 mà Cục Đường thuỷ nội địa Việt Nam đề xuất là dự án cảng Tân Châu xây dựng cảng trên kênh Tân Châu, thuộc tỉnh An Giang, vốn đầu tư dự kiến 25 tỷ đồng.
Hiện nay, dự án cải tạo, nâng cấp luồng sông Sài Gòn đoạn từ cầu Bình Lợi tới cảng Bến Súc (Bình Dương) là dự án đường thủy đầu tiên thực hiện theo hình thức BOT (một loại đầu tư theo hình thức PPP) sẽ đưa vào khai thác cuối năm 2018.
Dự án cải tạo, nâng cấp luồng sông Sài Gòn đoạn từ cầu Bình Lợi tới cảng Bến Súc có tổng mức đầu tư của dự án là 1.300 tỷ đồng, chi phí xây dựng trên 838 tỷ đồng. Trong đó, phần quan trọng nhất là thi công mới cầu sắt Bình Lợi để nâng tĩnh không thông thuyền của cầu hiện nay từ 1,5m lên 7m.
Dự án gồm 2 hợp phần gồm xây mới cầu sắt Bình Lợi và nạo vét luồng sông Sài Gòn với chiều dài khoảng 70km từ cầu Bình Lợi đến cảng Bến Súc. Khi công trình hoàn thành, sà lan trên 300 tấn sẽ lưu thông từ Bình Dương về các cảng tại Tp. Hồ Chí Minh, giảm áp lực cho giao thông đường bộ.