Quyết định do Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải Nguyễn Văn Thể ký nêu rõ: "Giao nhiệm vụ Tổng công ty Đầu tư phát triển và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long làm chủ đầu tư xây dựng công trình cao tốc Mỹ Thuận - Cần Thơ, giai đoạn 1 thay thế cho Ban Quản lý dự án Thăng Long.
Tổng công ty Đầu tư phát triển và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long tổ chức thực hiện chức năng, nhiệm vụ chủ đầu tư theo đúng quy định của pháp luật. Ban Quản lý dự án Thăng Long khẩn trương thực hiện việc giao, nhận hồ sơ và các tài liệu liên quan cho Tổng công ty Đầu tư phát triển và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long theo quy định; Tổng công ty Đầu tư phát triển và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long tiếp tục triển khai các bước tiếp theo theo quy định và chịu trách nhiệm toàn diện trước pháp luật về thủ tục đầu tư".
Theo Bộ Giao thông Vận tải, dự án cao tốc Mỹ Thuận - Cần Thơ có chiều dài 23 km được phê duyệt báo cáo nghiên cứu khả thi giai đoạn 1 theo hình thức PPP tại Quyết định 2519/QĐ-BGTVT ngày 28/8/2018 của Bộ Giao thông Vận tải với tổng mức đầu tư 5.370 tỷ đồng.
Sau đó, Ban Quản lý dự án Thăng Long đã tổ chức sơ tuyển, lựa chọn nhà đầu tư từ tháng 2/2018. Tuy nhiên, do dự án thay đổi về chủ trương hỗ trợ của Nhà nước, để phù hợp với quy định pháp luật về quản lý, sử dụng tài sản công nên Bộ Giao thông Vận tải đã ban hành quyết định hủy sơ tuyển lựa chọn nhà đầu tư và tổ chức điều chỉnh dự án.
Đến ngày 8/12/2019, Bộ Giao thông Vận tải ban hành quyết định về việc phê duyệt báo cáo nghiên cứu khả thi điều chỉnh tổng mức đầu tư cao tốc Mỹ Thuận - Cần Thơ xuống còn 4.758 tỷ đồng; trong đó, nguồn vốn ngân sách nhà nước hỗ trợ giải phóng mặt bằng cho dự án là 923 tỷ đồng.