Cụ thể, Phó Thủ tướng yêu cầu Bộ Giao thông Vận tải nghiên cứu, tiếp thu ý kiến của các Bộ: Tư pháp, Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính, Xây dựng, rà soát, tính toán lại quy mô đầu tư, phân kỳ đầu tư, tổng mức đầu tư dự án; đồng thời, làm việc với Bộ Kế hoạch và Đầu tư để xem xét, đề xuất phương án ngân sách Nhà nước hỗ trợ kinh phí giải phóng mặt bằng cho dự án theo đúng quy định của pháp luật (trường hợp đề xuất từ nguồn dự phòng kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020 thì phải bảo đảm phù hợp với nguyên tắc, tiêu chí quy định tại Nghị quyết của Quốc hội); trên cơ sở đó Bộ Giao thông Vận tải lựa chọn phương án và hình thức đầu tư phù hợp, đề xuất, báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
Trình tự, thủ tục điều chỉnh dự án được thực hiện theo đúng quy định của pháp luật hiện hành đối với phương án và hình thức đầu tư do Bộ Giao thông Vận tải đề xuất.