Theo đó, trên cơ sở phân tích, đánh giá các ưu, nhược điểm cụ thể của 3 phương án, ý kiến trao đổi thống nhất của Bộ, ngành Trung ương tại cuộc họp, UBND TP Hà Nội thống nhất loại bỏ phương án số 3 (phương án bỏ qua ga ngầm C9 hoặc có thể xem xét xây dựng trong tương lai) với lý do, không phù hợp với quy hoạch chung xây dựng Thủ đô, quy hoạch GTVT Thủ đô đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
Hà Nội chốt phương án đưa ga ngầm C9 ra khỏi vùng bảo vệ di tích.
Về phương án 2, phần cơ bản thân ga và cửa lên xuống số 3 nằm trong vùng bảo vệ II của di tích quốc gia đặc biệt hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn. Đồng thời, phương án này chưa nhận được sự đồng thuận của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch và Ủy ban Văn hóa, Giáo dục của Quốc hội.
Còn phương án 1 đã được nghiên cứu điều chỉnh đảm bảo về kỹ thuật, tính khả thi về kỹ thuật và công nghệ, tuân thủ pháp luật về di sản văn hóa, giải quyết được các kiến nghị của các bên nêu trên.
Từ đánh giá trên, trên cơ sở ý kiến của các Bộ, ngành, UBND TP Hà Nội thống nhất đề xuất phương án 1 để làm cơ sở hoàn thành hồ sơ điều chỉnh chủ trương đầu tư dự án metro Nam Thăng Long- Trần Hưng Đạo, báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định và đẩy nhanh nhất tiến độ dự án đầu tư.
Trước đó, UBND TP Hà Nội đã có văn bản gửi các Bộ, ngành liên quan như Bộ Văn hóa Thể thao và Du lịch, Giao thông, Xây dựng, Tư pháp và Ủy ban văn hóa, giáo dục, thanh niên, thiếu niên và nhi đồng về quy hoạch ga ngầm C9-hồ Hoàn Kiếm thuộc tuyến đường sắt đô thị số 2 Nam Thăng Long- Trần Hưng Đạo.