Trong văn bản, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch nêu rõ, phương án thiết kế mà UBND thành phố Hà Nội lựa chọn (thân ga cách Tháp Bút 36m, đường hầm chạy dưới lòng đất chỉ cách chân Tháp Bút 1m; việc thi công ga buộc phải di dời toàn bộ cây xanh ở ven hồ, đào đất theo biện pháp “đào hở” sâu khoảng 20m, làm rào chắn, sau khi thi công xong mới hoàn trả mặt bằng của di tích…) gây ra nhiều nguy cơ ảnh hưởng trực tiếp tới cảnh quan môi trường văn hóa và sinh thái khu vực. Phương án này có thể tạo ra những rung chấn ảnh hưởng tới Nghi môn, Tháp Bút của đền Ngọc Sơn và đền Bà Kiệu ở phía đối diện, đặc biệt là với Tháp Bút- một biểu tượng đặc sắc riêng có về truyền thống hiếu học, văn hiến của Thủ đô Hà Nội.
Việc này cũng gây ảnh hưởng tới cảnh quan khu vực, với những không gian mặt nước và cây xanh lâu năm đã đi vào tiềm thức của mọi người dân bị thay đổi khi nơi đây trở thành công trường thi công trong thời gian dự kiến là 3 năm; tạo nên nguy cơ tắc nghẽn giao thông khi trở thành điểm tiếp nhận lượng hành khách lớn vào trung tâm Hà Nội, nơi vốn đã có mật độ giao thông cao.
Với những lý do nêu trên, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch tiếp tục đề nghị UBND thành phố Hà Nội nghiên cứu điều chỉnh hướng tuyến vị trí các nhà ga và các công trình phụ trợ để đảm bảo không gây ảnh hưởng bất lợi với các di tích trong khu vực, tuân thủ pháp luật về di sản văn hóa, xử lý hài hòa mối quan hệ giữa bảo tồn và phát triển, đảm bảo sự đồng thuận cao của cộng đồng.
Trong văn bản này, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch cũng khẳng định: Liên quan đến dự án xây dựng tuyến đường sắt đô thị Thành phố Hà Nội nói chung và phương án bố trí nhà ga C9 nói riêng do Thành phố Hà Nội đề xuất, từ năm 2008 đến nay Bộ đã nhiều lần có văn bản góp ý (các công văn số 2526/BVHTTDL-KHTC ngày 11/7/2008; số 1718/BVHTTDL-DSVH ngày 24/5/2010; số 2881/BVHTTDL-DSVH ngày 20/7/2015; số 706/BVHTTDL-DSVH ngày 10/3/2016, số 414/BVHTTDL-DSVH ngày 13/2/2017, số 2297/BVHTTDL-DSVH ngày 29/5/2017, số 1616/BVHTTDL-DSVH ngày 18/4/2018). Theo đó nội dung các văn bản đều thể hiện quan điểm xuyên suốt của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch là yêu cầu UBND thành phố Hà Nội chỉ đạo các cơ quan liên quan nghiên cứu các phương án bố trí nhà ga, tịnh tiến thân ga về phía Đông đường Đinh Tiên Hoàng, cách xa bờ phía Đông của Hồ Hoàn Kiếm và nằm ngoài khu vực khoanh vùng bảo vệ II của Di tích lịch sử và danh lam thắng cảnh quốc gia đặc biệt Hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn đã được Thủ tướng Chính phủ xếp hạng tại Quyết định số 2383/QĐ-TTg ngày 9/12/2013.
Ngày 25/10/2018, Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch nhận được Công văn số 10395/VPCP-CN của Văn phòng Chính phủ thông báo ý kiến của Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam yêu cầu Bộ xem xét kiến nghị của UBND thành phố Hà Nội công văn số 4950/UBND-ĐT ngày 11/10/2018. Căn cứ Luật Di sản văn hóa và các văn bản có liên quan, trên cơ sở nghiên cứu ý kiến của Ủy ban Văn hóa, Giáo dục, Thanh niên, Thiếu niên và Nhi đồng của Quốc hội tại công văn số 1479 ngày 16/8/2018 và xin ý kiến một số chuyên gia, nhà khoa học, Bộ VHTTDL đã có công văn 03/BVHTTDL-DSVH báo cáo Thủ tướng chính phủ, nêu rõ một số vấn đề.
Trong đó, về mặt pháp lý, Điều 32 Luật Di sản văn hóa năm 2001 được sửa đổi bổ sung năm 2009 quy định trong các khu bảo vệ di tích chỉ được xây dựng công trình phục vụ việc bảo vệ và phát huy giá trị di tích: “Việc xây dựng công trình bảo vệ và phát huy giá trị di tích ở khu vực bảo vệ 2 đối với di tích cấp tỉnh phải được sự đồng ý bằng văn bản của Chủ tịch UBND cấp tỉnh, đổi với di tích quốc gia và di tích quốc gia đặc biệt phải được sự đồng ý bằng văn bản của Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch. Việc xây dựng công trình quy định tại khoản này không được làm ảnh hưởng tới yếu tố gốc, cấu thành di tích, cảnh quan thiên nhiên và môi trường- sinh thái của di tích”. Tuy nhiên, thân ga ngầm C9 theo quy hoạch hiện tại nằm trong khu vực khoanh vùng bảo vệ 2 của di tích lịch sử và danh lam thắng cảnh quốc gia đặc biệt Hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn, là hai công trình phục vụ giao thông không phải là “công trình bảo vệ và phát huy giá trị di tích” như luật quy định. Do đó, nếu xây dựng công trình này là vi phạm điều 32 Luật Di sản văn hóa.
Quan điểm này cũng được Ủy ban Văn hóa, Giáo dục, Thanh niên, Thiếu niên và Nhi đồng của Quốc hội khẳng định tại công văn số 1479/UBVHGDTTN 14 ngày 16/8/2018 gửi Ủy ban thường vụ Quốc hội và Thủ tướng Chính phủ: “Phương án được lựa chọn không chỉ vi phạm Luật Di sản văn hóa mà còn tiềm ẩn nguy cơ ảnh hưởng không thể khắc phục đối với di sản, không gian văn h óa của trung tâm thủ đô”.