Các dịch vụ trung gian thanh toán mà VNPAY được cấp phép gồm: Dịch vụ Cổng thanh toán điện tử; Dịch vụ hỗ trợ thu hộ, chi hộ; Dịch vụ hỗ trợ chuyển tiền điện tử; Dịch vụ Ví điện tử.
Từ khi thành lập vào năm 2007 đến nay, VNPAY luôn không ngừng phát triển và đa dạng hóa các dịch vụ thanh toán điện tử. Đến tháng 3/2009, VNPAY là một trong những công ty đầu tiên được Thống đốc Ngân hàng Nhà nước cho phép thực hiện thí điểm cung ứng dịch vụ thanh toán Ví điện tử theo Quyết định số 675/QĐ-NHNN. Sau 7 năm triển khai thí điểm, VNPAY đã có những đóng góp tích cực trong việc thúc đẩy các doanh nghiệp tham gia hoạt động thương mại điện tử và thanh toán không dùng tiền mặt.
Sau một thời gian làm đề án xin phép Ngân hàng Nhà nước được tham gia hoạt động trung gian thanh toán, cũng như chuẩn bị cơ sở hạ tầng, tháng 10/2015, Công ty VNPAY chính thức được Thống đốc Ngân hàng Nhà nước cấp Giấy phép hoạt động cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán.
Phát biểu tại Lễ công bố, ông Trần Trí Mạnh - Chủ tịch Hội đồng quản trị VNPAY cho biết: “VNPAY tin tưởng rằng với hành lang pháp lý đầy đủ và sự nỗ lực của toàn thể các cán bộ trong công ty, VNPAY sẽ là một đơn vị đóng góp tích cực trong sự nghiệp xã hội hoá không dùng tiền mặt tại Việt Nam”.