Để đảm bảo an toàn hệ thống đê điều, tỉnh đã triển khai lực lượng tuần tra, canh gác dọc các tuyến đê, đồng thời lên các phương án bảo vệ các trọng điểm đê điều xung yếu theo phương châm "4 tại chỗ"; chuẩn bị sẵn sàng lực lượng, vật tư, phương tiện, máy móc, thiết bị để hộ đê, kịp thời xử lý các sự cố xảy ra.
Tại huyện Nho Quan có 42,6 km đê sông, chỉ tiêu chống lũ mực nước tại Bến Đế (+5,3m), nếu lũ ở thượng nguồn có đỉnh có thể giữ ở mức cao hơn, các tuyến đê đã được nâng cấp và gia cố mặt bằng bê tông. Huyện có 2 tràn sự cố trên đê Đức Long - Gia Tường - Lạc Vân, mỗi tràn dài 200m và có 61,5 km đê bao, chỉ tiêu chống lũ (+3,5 đến +4,0m).
Ông Bùi Văn Thể, Trưởng phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn huyện Nho Quan cho biết, sau cơn bão số 3, các tuyến đê trên địa bàn vẫn chưa bị ảnh hưởng. Tuy nhiên, hiện nay mực nước sông lên cao kết hợp với mưa lớn cục bộ, nguy cơ cao xảy ra ngập lụt vùng bãi ven sông, vùng trũng thấp tại các xã thuộc huyện Nho Quan. Huyện đã có các phương án nhằm phòng, chống thiên tai, trong đó bám sát phương châm "4 tại chỗ". Huyện đã chỉ đạo Đội Quản lý đê nhân dân phối hợp với các Hạt Quản lý đê Hoàng Long, Ninh Bình, Hoa Lư tuần tra, kiểm soát. Các xã có ban, đội xung kích bố trí lực lượng trực 24/24 giờ trên các tuyến đê. Trước mùa mưa bão, huyện đã chủ động phát quang, kiểm tra và xác định các điểm xung yếu để chủ động ứng phó với thiên tai.
Theo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Ninh Bình, hệ thống đê điều của tỉnh có tổng chiều dài 424,5 km, gồm 1 tuyến đê cấp II, 8 tuyến đê cấp III, 5 tuyến đê cấp IV và 20 tuyến đê cấp V. Trong đó, các tuyến đê chống lũ sông Hoàng Long và sông Đáy gồm: Tuyến đê Hữu Đáy, đê Trường Yên, đê Hữu Hoàng Long. đê tả Hoàng Long và đê Đầm Cút. Hầu hết các tuyến đê này đều đã được cứng hóa bằng bê tông.
Ông Nguyễn Thanh Bình, Phó Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Ninh Bình cho biết, bão số 3 gây mưa to trên địa bàn tỉnh với lượng mưa 3 ngày khoảng 250mm, đã làm xuất hiện một đợt lũ trên sông Hoàng Long. Mực nước dự báo sẽ lên mức báo động 3 tại Bến Đế. Để chủ động phòng, chống lũ trên các sông Hoàng Long, Đáy, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã tổ chức thông báo ngay đến cấp chính quyền người dân, các tổ chức có hoạt động sản xuất kinh doanh trên sông, ven sông, các bến đò ngang biết để chủ động phòng tránh. Ngành đã chỉ đạo các lực lượng quản lý đê chuyên trách, lực lượng quản lý đê nhân dân tố chức tuần tra, canh gác dọc các tuyến đê để kịp thời phát hiện các sự cố về đê điều như thẩm lậu, rò rỉ qua mái đê, cơ đê, thân đê, rò rỉ qua mang cống để sẵn sàng xử lý ngay từ giờ đầu, phút đầu. Các địa phương chuẩn bị sẵn sàng lực lượng, vật tư, phương tiện theo phương châm "4 tại chỗ" để bảo vệ các trọng điểm nếu phát sinh sự cố về đê điều; đảm bảo thông tin liên lạc thông suốt, sẵn sàng vận hành các tràn Lạc Khoái, Đức Long, Gia Tường, cống Mai Phương để đảm bảo an toàn tuyệt đối cho các tuyến đê. Các đơn vị tiếp tục theo dõi chặt chẽ diễn biến mưa, lũ trên sông Hoàng Long tổ chức trực ban 24/24 giờ để kịp thời tiếp nhận xử lý mọi tình huống mất an toàn cho đê điều và ngập úng.
Đối với công tác bơm tiêu úng, Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Khai thác công trình thủy lợi tỉnh đang vận hành 158 máy/43 trạm bơm tiêu và mở 8 cống dưới đê, dưới đập để khẩn trương tiêu úng đảm bảo an toàn cho lúa mùa, chống ngập úng các khu dân cư và khu công nghiệp.
Theo Đài Khí tượng thủy văn tỉnh Ninh Bình, do ảnh hưởng của cơn bão số 3, hiện, lũ trên sông Hoàng Long tại Bến Đế, sông Đáy tại Ninh Bình đang lên. Mực nước lúc 6 giờ ngày 10/9 tại Bến Đế là 3,50m (ở mức báo động 2), sông Đáy tại Ninh Bình 2,89m (dưới báo động 2: 0,11m). Dự báo trong 12 - 24 giờ tới, mực nước trên sông Hoàng Long tại Bến Đế đang lên, đỉnh lũ có khả năng lên mức báo động 3 (báo động 3: 4,00m). Trên sông Đáy tại Ninh Bình mực nước tiếp tục lên chậm, đạt đỉnh thứ nhất vào trưa 10/9, ở mức xấp xỉ báo động 3 (báo động 3: 3,50m). Mực nước sông lên cao kết hợp với mưa lớn cục bộ, nguy cơ cao xảy ra ngập lụt vùng bãi ven sông, vùng trũng thấp tại các xã thuộc huyện Nho Quan, Gia Viễn, thành phố Ninh Bình; lũ quét, sạt lở đất đá ở vùng đồi núi, sườn dốc, các xã thuộc huyện Nho Quan, Hoa Lư, thành phố Tam Điệp.
Văn phòng thường trực Ban Chỉ huy Phòng chống thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn tỉnh Ninh Bình đề nghị các đơn vị tổ chức thông báo ngay đến các cấp chính quyền, người dân, các tổ chức có hoạt động trên sông, ven sông, cơ sở nuôi trồng thủy sản, phương tiện vận tải thủy; các bến đò ngang, đò dọc; rà soát, đảm bảo an toàn các công trình đang thi công; các trọng điểm xung yếu, các hoạt động sản xuất kinh doanh, khai thác tập kết, trung chuyển cát sỏi biết để chủ động các biện pháp phòng tránh đảm bảo an toàn về người, tài sản. Các địa phương, đơn vị kiểm tra, rà soát và triển khai phương án bảo vệ các trọng điểm đê điều xung yếu theo phương châm "4 tại chỗ"; sẵn sàng lực lượng, vật tư, phương tiện, máy móc, thiết bị để hộ đê, kịp thời xử lý các sự cố xảy ra ngay từ giờ đầu, đảm bảo an toàn cho các tuyến đê; tăng cường kiểm tra hệ thống đê điều, thực hiện nghiêm công tác tuần tra, canh gác bảo vệ đê điều trong mùa mưa lũ theo đúng quy định... Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh, Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Khai thác công trình thủy lợi tỉnh phối hợp với các địa phương vận hành các trạm bơm để tiêu kiệt nước...