Thành phố thành lập 15 chốt kiểm soát dịch liên ngành tại các vị trí cửa ngõ ra, vào thành phố gồm: Chốt 1: Đường Tạ Quang Bửu, quận Liên Chiểu; chốt 2: Đường Hoàng Văn Thái (gần bãi rác Khánh Sơn), quận Liên Chiểu; chốt 3: Đường Nguyễn Tất Thành nối dài - đường dẫn hầm Hải Vân, huyện Hòa Vang; chốt 4: Quốc lộ 14B (bên cạnh Trạm cảnh sát giao thông Hòa Nhơn), huyện Hòa Vang; chốt 5: Quốc lộ 1A (gần Trạm Cảnh sát giao thông Hòa Phước), huyện Hòa Vang; chốt 6: Quốc lộ 14B (gần quán Dê 89), huyện Hòa Vang; chốt 7: Đường 14G (chân núi Thần Tài), huyện Hòa Vang; chốt 8: Tỉnh lộ 605 (đoạn lên núi Bồ Bồ), huyện Hòa Vang; chốt 9: Dự án tổ hợp du lịch và giải trí Cocobay, đường Trường Sa, quận Ngũ Hành Sơn; chốt 10: Điểm cuối đường Trần Đại Nghĩa, quận Ngũ Hành Sơn; chốt 11: Ga đường sắt Đà Nẵng, quận Thanh Khê; chốt 12: Bến xe Trung tâm thành phố, quận Cẩm Lệ; chốt 13: Cảng Đà Nẵng, quận Sơn Trà; chốt 14: Âu thuyền Thọ Quang, quận Sơn Trà; chốt 15: Ga Nội địa - Cảng hàng không quốc tế Đà Nẵng, quận Hải Châu.
Từ chốt 1 đến chốt 12, mỗi chốt có 2-4 công an, 2-3 nhân viên y tế, 2 người thuộc Bộ Chỉ huy quân sự thành phố, 1-2 phiên dịch, 2 đoàn viên, 1-2 nhân viên Thanh tra giao thông vận tải, 2 người thuộc Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng thành phố. Riêng các chốt còn lại tùy theo điều kiện để bố trí lực lượng phù hợp.
Các đơn vị liên ngành trực tại các chốt có nhiệm vụ phối hợp, tiến hành triển khai các biện pháp kiểm dịch y tế cần thiết (đo thân nhiệt, yêu cầu khai báo y tế, kiểm tra dịch tế...) đối với toàn bộ người, phương tiện tại chốt kiểm soát; quyết định các biện pháp can thiệp y tế phù hợp đối với từng diện đối tượng; xử lý đối với các trường hợp không chấp hành yêu cầu của chốt kiểm soát dịch, ngăn chặn không cho vào thành phố hoặc tùy theo mức độ, hành vi để xử lý theo quy định của pháp luật…
Chốt kiểm soát dịch liên ngành thực hiện nhiệm vụ 24/24 giờ, liên tục các ngày trong tuần, thời gian theo chỉ đạo của Chủ tịch UBND thành phố Đà Nẵng.