Nguyên nhân do thôn Vĩnh Ninh là “rốn” nước thải của thành phố, nước thải từ các nơi qua sông Tô Lịch, sông Nhuệ, sông Sét đổ về tích tụ lại, cộng thêm nước thải sinh hoạt người dân trực tiếp đổ ra, không được nạo vét, khơi thông, thu gom rác. Vĩnh Ninh hiện là một trong những “điểm nóng” về dịch sốt xuất huyết của Hà Nội năm 2023 với 229 ca (tính đến tháng 8/2023).