UBND huyện Sóc Sơn đã chỉ đạo UBND xã Minh Phú cử cán bộ cùng với nhân dân tạm thời bảo quản những đồ thờ còn lại, bố trí, chăm sóc những người trong chùa... Bên cạnh đó, vận động nhân dân trong thôn, các nhà hảo tâm, các cơ quan, doanh nghiệp ủng hộ tiền, nguyên vật liệu để xây dựng lại chùa.
Theo lãnh đạo Sở Văn hóa, Thể thao Hà Nội, Sở cũng đã có đề xuất UBND thành phố Hà Nội giao UBND huyện Sóc Sơn thực hiện các biện pháp đảm bảo vệ sinh môi trường ngay sau khi cơ quan chức năng hoàn thiện hồ sơ vụ cháy; tổ chức kiểm tra, đánh giá mức độ ảnh hưởng của vụ cháy đối với di tích. Huyện tiếp tục chỉ đạo các đơn vị liên quan tăng cường công tác đảm bảo an ninh trật tự trên địa bàn nói chung và tại khu vực chùa Thanh Sơn nói riêng, điều tra xác minh làm rõ vụ việc, đề xuất phương án giải quyết. Đồng thời triển khai các biện pháp khắc phục hậu quả nhằm ổn định tình hình liên quan đến sinh hoạt tín ngưỡng tôn giáo tại di tích và địa phương; tổ chức kiểm tra, hướng dẫn, tuyên truyền các tổ chức, cá nhân, tiểu ban quản lý di tích trong công tác tu bổ, tôn tạo, phục hồi di tích theo quy định của Luật Di sản văn hóa và quy định hiện hành của pháp luật và thành phố.
Trước đó, vào khoảng 12 giờ ngày 2/4, tại chùa Thanh Sơn đã xảy vụ hỏa hoạn. Ngay sau đó, UBND xã Minh Phú đã chỉ đạo Công an xã cấp báo cơ quan Phòng cháy chữa cháy của huyện, tổ chức các lực lượng công an, dân quân, đơn vị quân đội đóng trên địa bàn và nhân dân tiến hành dập lửa, tổ chức di chuyển đồ đạc trong chùa ra ngoài. Tuy nhiên, do chùa chủ yếu được làm bằng chất liệu gỗ nên ngọn lửa bén nhanh và bùng cháy dữ dội. Lực lượng của địa phương chỉ khống chế được đám cháy, chống cháy lan sang các khu vực lân cận. Khoảng 20 phút sau, xe của lực lượng Cảnh sát Phòng cháy chữa cháy mới tiếp cận xử lý dập tắt đám cháy. Đến 18 giờ, ngày 2/4 đám cháy được dập tắt hoàn toàn.
Di tích chùa Thanh Sơn chưa được xếp hạng nhưng nằm trong danh mục kiểm kê di tích huyện Sóc Sơn, hiện do UBND huyện Sóc Sơn quản lý theo phân cấp của UBND thành phố Hà Nội.