Theo Trung tâm Dự báo Khí tượng Thủy văn Quốc gia, rãnh áp thấp có trục ở khoảng 25 - 27 độ vĩ Bắc đang bị nén và đẩy dịch xuống phía Nam nên sáng sớm 12/6, khu vực vùng núi Bắc Bộ đã có mưa vừa, mưa to với lượng mưa đo được từ 1 giờ đến 6 giờ ngày 12/6 tại Vị Xuyên (Hà Giang) 28,8mm, Na Hang (Tuyên Quang) 17,4mm, Ba Bể (Bắc Kạn) 30mm...; lượng mưa đo được từ 1 giờ đến 3 giờ ngày 12/6 tại Sinh Long (Na Hang) 16,4mm, Việt Lâm (Vị Xuyên) 28mm, Khâu Tinh (Na Hang) 67mm…
Trong sáng 12/6, rãnh áp thấp nâng trục dần lên phía Bắc nên khu vực vùng núi Bắc Bộ tiếp tục có mưa rào và dông rải rác với lượng mưa phổ biến 5-15mm/12 giờ, riêng các tỉnh Lai Châu, Lào Cai, Hà Giang, Tuyên Quang, Cao Bằng, Bắc Kạn có khả năng có mưa vừa, mưa to, có nơi mưa rất to và dông với lượng mưa 15-30mm/12 giờ, có nơi trên 50mm/12 giờ, trong mưa dông có khả năng xảy ra lốc, sét, mưa đá và gió giật mạnh, cảnh báo nguy cơ sạt lở đất và lũ quét.
Đêm 12/6, do ảnh hưởng rìa phía Nam của rãnh áp thấp nên khu vực vùng núi phía Bắc có mưa rào và dông rải rác, riêng các tỉnh Lai Châu, Lào Cai, Hà Giang, Tuyên Quang, Cao Bằng, có khả năng mưa vừa, mưa to, có nơi mưa rất to và dông với lượng mưa 20 - 50mm/12 giờ, có nơi trên 70mm/12 giờ, khả năng xảy ra lốc, sét, mưa đá và gió giật mạnh.
Từ đêm 13/6, mưa dông diện rộng có khả năng xuất hiện ở các tỉnh Bắc Bộ và Bắc Trung Bộ; riêng khu vực vùng núi và trung du Bắc Bộ có mưa vừa, mưa to, có nơi mưa rất to và dông. Lượng mưa đo được phổ biến 20 - 50mm/24 giờ, riêng vùng núi và trung du Bắc Bộ 50 - 100mm/24 giờ, có nơi trên 120mm/24 giờ.
Trên biển, do ảnh hưởng của gió mùa Tây Nam có cường độ trung bình đến mạnh nên trong ngày và đêm 12/6, từ Bình Thuận đến Cà Mau, Cà Mau đến Kiên Giang, vịnh Thái Lan và khu vực Nam Biển Đông, vùng biển quần đảo Trường Sa có mưa rào và dông, có khả năng xảy ra lốc xoáy và gió giật mạnh. Gió Tây Nam mạnh cấp 5, có lúc cấp 6, giật cấp 8, sóng biển cao 2 - 3m, biển động.