Hiện nay, nhiều tuyến sông, suối tại tỉnh Thanh Hóa ngoài tàu thuyền chở hàng hóa, khai thác cát còn có thuyền, bè hàng ngày chở người dân đi lại. Trong đó, phương tiện chở khách bằng đường thủy chủ yếu là đò ngang, bè mảng, nhưng hệ thống sông qua địa bàn một số huyện miền núi, như: Quan Hóa, Ngọc Lặc... chưa được đưa vào quản lý luồng tuyến.
Hiện hầu hết các bến đò ngang chưa có nhà chờ cho hành khách, nội quy đi đò; các đò thu phí của hành khách không có bảng niêm yết giá do cấp có thẩm quyền quy định. Đường lên xuống của một số bến đò thuộc các huyện Nga Sơn, Yên Định, Hoằng Hóa chưa được đầu tư xây dựng, khi trời mưa hành khách đi lại rất khó khăn và tiềm ẩn nguy cơ mất ATGT. Công tác quản lý, bảo đảm áo phao, dụng cụ nổi cứu sinh của một số chủ đò chưa tốt; có những chủ đò cất dụng cụ nổi cứu sinh dưới khoang đò hoặc bố trí nơi để chưa hợp lý, gây khó khăn cho việc sử dụng của người đi đò, như: đò Páng (Quan Hóa), đò Cô Tám (Hà Trung)... Công tác đào tạo, cấp chứng chỉ chuyên môn cho người lái đò chưa đáp ứng yêu cầu thực tế. Những bến đò được cấp phép hoạt động mới chỉ có một lái đò có chứng chỉ chuyên môn trong khi yêu cầu thực tế cần phải có tối thiểu hai người lái đò có chứng chỉ chuyên môn. Nhiều tàu thuyền vận tải hàng hóa bằng đường thủy nội địa đã hư hỏng, xuống cấp nhưng chủ phương tiện chưa thực sự quan tâm đầu tư sửa chữa.
Đại diện Phòng Quản lý giao thông (Sở Giao thông - Vận tải), cho biết: Thanh Hóa hiện có 1.493 phương tiện thủy nội địa (88 phương tiện chở khách ngang sông, 880 phương tiện vận tải, 525 phương tiện gia dụng); trong đó có155 phương tiện không phải đăng ký, đăng kiểm; còn lại 1.338 phương tiện phải đăng ký, đăng kiểm. Nhưng hiện tại có tới 717 phương tiện chưa đăng ký, đăng kiểm, chiếm 53,6% tổng số phương tiện phải đăng ký, đăng kiểm. Đáng chú ý, 525 phương tiện gia dụng (có 133 phương tiện không thuộc diện phải đăng ký, đăng kiểm) đã được UBND tỉnh phân cấp cho UBND cấp huyện đăng ký và quản lý hoạt động theo Quyết định số 714/QĐ-UBND ngày 16/3/2006; song tại các huyện vẫn chưa cấp được đăng ký cho phương tiện nào.
Nguyên nhân một phần là do việc nộp lệ phí trước bạ để làm đăng ký cho các phương tiện thủy nội địa hiện nay còn gặp nhiều khó khăn. Một số phương tiện của tổ chức, cá nhân được đóng hoặc chuyển nhượng từ lâu nhưng không có giấy tờ, hoặc chỉ có giấy chuyển nhượng viết tay giữa người mua và người bán; do đó việc định giá để nộp thuế của cơ quan thuế các địa phương gặp khó khăn, không thống nhất dẫn đến không thực hiện được. Bên cạnh đó, công tác phối hợp tuần tra, xử lý tàu thuyền vi phạm Luật Giao thông đường thủy nội địa giữa lực lượng cảnh sát đường thủy và thanh tra giao thông thực hiện chưa hiệu quả; trên địa bàn tỉnh hiện chưa có bến bãi để lưu giữ tàu thuyền vi phạm TTATGT đường thủy nội địa.
Ông Vũ Hoàng Linh, Chánh Văn phòng Ban ATGT tỉnh, cho biết: Trên cơ sở các văn bản hướng dẫn của các ngành, đơn vị chức năng, các địa phương triển khai hướng dẫn các chủ đò ngang làm thủ tục cấp phép theo quy định; các chủ đò cử người tham gia lớp đào tạo cấp chứng chỉ chuyên môn miễn phí cho người lái đò để bảo đảm mỗi đò chở khách có tối thiểu 2 người có chứng chỉ chuyên môn. Các lực lượng chức năng tăng cường công tác kiểm tra, xử lý nghiêm những trường hợp vi phạm các quy định của Luật Giao thông đường thủy nội địa.
Ngoài ra, chính quyền cấp xã và các chủ đò, chủ cầu phao trên địa bàn thực hiện ký cam kết bảo đảm an toàn trong hoạt động vận chuyển hành khách. Trong đó, xác định trách nhiệm của chủ đò trong việc không cho đò xuất bến khi người tham gia giao thông không tuân thủ những quy định an toàn, nhất là khi tình hình thời tiết, khí hậu, mực nước trên các sông có những diễn biến phức tạp. Các chủ khai thác, vận hành cầu phao có thu phí trên địa bàn thường xuyên kiểm tra, khắc phục hư hỏng mặt cầu, chất lượng phao, dây neo cầu...
Để đảm bảo an toàn giao thông đường thủy, các địa phương cần chủ động xây dựng, triển khai kế hoạch bảo đảm TTATGT đường thủy nội địa trong mùa mưa bão năm 2015; chuẩn bị các địa điểm an toàn để các phương tiện thủy nội địa tránh, trú trong mùa mưa bão. Đồng thời, chủ động giải quyết các tình huống xảy ra trong mùa mưa bão, thực hiện công tác tìm kiếm cứu nạn nhằm giảm thiểu tối đa thiệt hại do mưa bão gây ra; có quy định để các trường học có học sinh thường xuyên đi học qua sông, suối được nghỉ học khi mực nước các sông, suối lên cao, không bảo đảm an toàn.