Trước đó, ngày 13/1, sau bữa ăn trưa tại nhà ăn tập thể của Công ty CCIPY, hơn 80 công nhân có triệu chứng rối loạn tiêu hóa, nôn, đau bụng, đau đầu. Các công nhân có dấu hiệu ngộ độc thực phẩm đã được đưa đến Bệnh viện Đa khoa tỉnh Phú Yên để cấp cứu, điều trị.
Ngay sau khi vụ ngộ độc thực phẩm xảy ra, Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm tỉnh Phú Yên đã tiến hành lấy 6 mẫu thức ăn trưa (đậu kho, canh bí, gỏi hoa chuối, nấm xào sả ớt, nấm tươi, cơm trắng) tại Công ty CCIPY, niêm phong và gửi Viện Pasteur Nha Trang kiểm tra vi sinh, hóa lý, xác định nguyên nhân gây bệnh. Kết quả xét nghiệm các mẫu thực phẩm của Viện Pasteur Nha Trang xác định món nấm xào sả ớt trong khẩu phần ăn trưa của công nhân công ty nhiễm vi khuẩn Bacillus cereus; đây cũng là nguyên nhân khiến các công nhân bị ngộc độc.