Công tác khử trùng được thực hiện ngay sau khi máy bay hạ cánh tại sân đỗ. Toàn bộ khu vực khoang hành khách, buồng lái, khu chuẩn bị của tiếp viên đều được khử trùng.
Các vị trí mặt ghế, thảm, sàn... trong khoang lái đều được phun khử khuẩn.
Các vị trí được tập trung khử trùng nhất là nơi có nhiều người tiếp xúc bằng tay như khóa khoang hành lý, thanh tỳ tay trên ghế ngồi, tay nắm cửa nhà vệ sinh… Các vị trí khác như mặt ghế, thảm, sàn hay bất cứ đâu hành khách có thể chạm tay vào cũng đều được xử lý. Dung dịch khử trùng là Disinfection Spraying CH2200 được sử dụng theo tiêu chuẩn của đơn vị y tế chức năng, được nhà sản xuất máy bay chấp thuận sử dụng trên các tàu bay và không gây ảnh hưởng đến sức khỏe hành khách.
Để hạn chế nguy cơ lây lan của virus Sars-CoV-2, Vietnam Airlines sẽ thực hiện đo thân nhiệt toàn bộ hành khách khởi hành từ châu Âu trước khi lên máy bay, đồng thời trang bị khẩu trang để hành khách sử dụng trong suốt thời gian bay. Hành khách được khuyến khích ổn định chỗ ngồi, hạn chế di chuyển và giao tiếp trong quá trình diễn ra chuyến bay.
Phun khử khuẩn toàn bộ khoang lái.
Đối với các chuyến bay nội địa, Vietnam Airlines đã tiến hành vệ sinh xịt khử trùng ngay sau mỗi chuyến bay tại các vị trí hành khách thường tiếp xúc bằng tay. Tai nghe được sử dụng sau tất cả các chuyến bay đều được khử trùng bằng dung dịch Chloramin B. Các trang thiết bị phục vụ hành khách tại hai sân bay Nội Bài và Tân Sơn Nhất gồm ống lồng, xe thang, xe phục vụ khách bị hạn chế di chuyển cũng thường xuyên được vệ sinh bằng các dung dịch khử trùng.