Theo Trung tâm Dự báo Khí tượng Thủy văn Quốc gia, rãnh áp thấp có trục ở khoảng 23 - 25 độ vĩ Bắc tiếp tục bị nén và đẩy dịch xuống phía Nam.
Sáng 13/6, trên khu vực tỉnh Tuyên Quang, Bắc Kạn, Cao Bằng và Hà Giang có mưa vừa, mưa to. Tổng lượng mưa đo được trong 3 giờ (từ 4 - 7h) ở Tuyên Quang tại trạm Đỉnh Đập là 78,8mm, Thượng Lâm là 43,4m, Minh Quang là 33,6mm, Phúc Lộc (Bắc Kạn) 20mm, Bắc Mê (Hà Giang) 16,6mm, Hà Quảng (Cao Bằng) 19,2mm … Đến 13h ngày 13/6 các khu vực này tiếp tục có mưa vừa và mưa to, lượng mưa phổ biến từ 20 - 50mm, có nơi trên 70mm, nguy cơ cao lũ quét, sạt lở đất và ngập úng cục bộ, đặc biệt là các huyện Chợ Đồn, Ba Bể, Pác Nặm, Bạch Thông (Bắc Kạn); Bảo Lâm, Thông Nông, Hà Quảng, Quảng Uyên (Cao Bằng); Na Hang, Yên Minh, Chiêm Hóa, Lâm Bình (Tuyên Quang); Bắc Mê, Xí Mần, Quang Bình, Bắc Quang (Hà Giang).
Trong ngày 13/6, do ảnh hưởng của rãnh áp thấp nên khu vực vùng núi phía Bắc có mưa to đến rất to với lượng mưa 30 - 80mm/12 giờ, có nơi trên 100mm/12 giờ. Từ chiều tối và đêm 13/6, ảnh hưởng kết hợp với vùng hội tụ gió lên đến mực 5000m nên Bắc Bộ có mưa vừa, có nơi mưa to và rải rác có dông. Lượng mưa phổ biến 20 - 50mm/24h, riêng vùng núi và trung du Bắc Bộ 50 - 100mm/24h, có nơi trên 150mm/24h; trong mưa dông có khả năng xảy ra lốc, sét, mưa đá và gió giật mạnh. Đợt mưa này có khả năng kéo dài đến đêm 15/6.
Các sông suối vùng núi phía Bắc có khả năng xuất hiện một đợt lũ với biên độ lũ lên từ 2 - 3m, lũ trên sông Bằng tại Bằng Giang (Cao Bằng) có khả năng lên mức báo động II; nguy cơ cao xảy ra lũ quét, sạt lở đất vùng núi, đặc biệt là các tỉnh Hà Giang, Tuyên Quang, Thái Nguyên, Cao Bằng, Bắc Kạn, Yên Bái, Lào Cai, ngập lụt vùng trũng.