Đảng ủy Khối Doanh nghiệp Trung ương tiếp tục thực hiện 5 nguyên tắc tổ chức hoạt động cơ bản của Đảng: Tập trung dân chủ trong Đảng; tự phê bình và phê bình; đoàn kết thống nhất; gắn bó mật thiết với nhân dân; Đảng hoạt động trong khuôn khổ Hiến pháp và pháp luật.