Tại hội nghị, Tổng Kiểm toán Nhà nước Hồ Đức Phớc, Tổng Thanh tra Chính phủ Lê Minh Khái đều cho rằng, công tác phối hợp giữa Kiểm toán Nhà nước và Thanh tra Chính phủ là cần thiết. Các nội dung phối hợp phù hợp với chức năng, nhiệm vụ và yêu cầu công tác của hai cơ quan và được triển khai nghiêm túc, đem lại kết quả tích cực, nổi bật là khắc phục sự chồng chéo, trùng lặp giữa kế hoạch kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước và kế hoạch thanh tra của Thanh tra Chính phủ. Kết quả đạt được góp phần nâng cao chất lượng các mặt công tác của hoạt động thanh tra, kiểm toán cũng như đề cao vai trò, trách nhiệm hai cơ quan trong hệ thống chính trị.
Theo báo cáo, thời gian qua, Kiểm toán Nhà nước đã phối hợp với Thanh tra Chính phủ trong việc cung cấp hồ sơ, số liệu kết quả kiểm toán để phục vụ Chính phủ báo cáo Quốc hội và phối hợp cử công chức tham gia về công tác phòng, chống tham nhũng. Từ năm 2015 đến nay, Kiểm toán Nhà nước đã cung cấp cho Thanh tra Chính phủ tổng hợp kết quả kiểm toán về việc thực hiện Đề án “Tái cơ cấu doanh nghiệp nhà nước, trọng tâm là tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước giai đoạn 2011-2015” tại các doanh nghiệp trực thuộc Bộ Quốc phòng và doanh nghiệp trực thuộc các đơn vị thuộc Bộ Quốc phòng; báo cáo kiểm toán, báo cáo tài chính, các hoạt động liên quan đến quản lý, sử dụng vốn, tài sản nhà nước năm 2016 của Tổng công ty cổ phần Bia - Rượu - Nước giải khát Sài Gòn...
Hàng năm, Kiểm toán Nhà nước phối hợp với Thanh tra Chính phủ trong việc xây dựng các báo cáo cung cấp thông tin để Chính phủ báo cáo Quốc hội về công tác phòng, chống tham nhũng; cử công chức tham gia Tổ công tác liên ngành chuẩn bị cho việc đánh giá thực thi Công ước Liên hợp quốc về phòng, chống tham nhũng (UNCAC) đối với Việt Nam...
Kiểm toán Nhà nước và Thanh tra Chính phủ quan tâm phối hợp để bồi dưỡng nghiệp vụ thanh tra và tổ chức thi nâng ngạch thanh tra viên chính cho công chức thanh tra thuộc Kiểm toán Nhà nước; tăng cường phối hợp nghiên cứu khoa học, xây dựng thể chế về thanh tra, kiểm toán, như: Đề tài nghiên cứu khoa học cấp bộ của Thanh tra Chính phủ “Phân định hoạt động thanh tra, kiểm toán”, Hội thảo “Rà soát, kiến nghị sửa đổi, bổ sung Luật Kiểm toán nhà nước 2015” của Kiểm toán Nhà nước…
Để tiếp tục thực hiện tốt hơn Quy chế phối hợp và nâng cao hơn nữa hiệu quả phối hợp công tác giữa 2 cơ quan trong thời gian tới, Kiểm toán Nhà nước và Thanh tra Chính phủ thống nhất tiếp tục quán triệt, chỉ đạo thực hiện nghiêm các quan điểm chỉ đạo của lãnh đạo Đảng, Nhà nước và quan điểm đã thống nhất giữa lãnh đạo Kiểm toán Nhà nước, Thanh tra Chính phủ về tránh chồng chéo, trùng lặp, nâng cao hiệu quả hoạt động kiểm toán, thanh tra.
Hai bên nghiên cứu, rà soát để sửa đổi, bổ sung Quy chế phối hợp công tác giữa Kiểm toán Nhà nước và Thanh tra Chính phủ cho phù hợp với chức năng, nhiệm vụ của hai cơ quan, nhất là quy định về phối hợp trong xây dựng, thực hiện kế hoạch kiểm toán, thanh tra; thống nhất thời gian họp, gặp gỡ, trao đổi thông tin trong quá trình chuẩn bị kế hoạch kiểm toán, thanh tra hàng năm trình Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt; tham vấn ý kiến lẫn nhau nhằm nắm bắt thông tin, tình hình để chỉ đạo, xử lý có hiệu quả nhất các vấn đề có liên quan đến hoạt động kiểm toán, thanh tra trên tinh thần phối hợp và chia sẻ...