Theo chính quyền địa phương, trong số các nạn nhân có 14 người tại nhà dưỡng lão gần sông Kuma, khi nước sông tràn bờ và gây ngập lụt trên diện rộng. Lực lượng cứu hộ đang chạy đua với thời gian để tìm kiếm 10 người còn mất tích.
Cơ quan Khí tượng Nhật Bản đã ra cảnh báo cao nhất đối với các trận mưa lớn tại nhiều khu vực của tỉnh Fukuoka, Nagasaki và Saga, đồng thời kêu gọi người dân tại khu vực Kyushu thực hiện các biện pháp phòng ngừa để đảm bảo an toàn. Cơ quan này cũng kêu gọi người dân sinh sống tại những khu vực trên cảnh giác cao độ trước các thảm họa như lũ lụt và lở đất cho đến sáng 7/7.
Tính đến chiều 6/7, ước tính khoảng 254.000 người dân tại các tỉnh Kumamoto, Miyazaki và Kagoshima đã được yêu cầu sơ tán. Thủ tướng Nhật Bản Shinzo Abe yêu cầu các chính quyền nỗ lực hết sức nhằm bảo vệ tính mạng người dân và hỗ trợ những người bị ảnh hưởng. Ông cũng kêu gọi người dân trên cả nước cảnh giác cao độ và cập nhật thông tin mới nhất từ các chính quyền địa phương.
Trước đó, mưa lớn bắt đầu đổ xuống khu vực Tây Nam Nhật Bản tối 3/7 và gây thiệt hại nghiêm trọng ở khu vực này, nhất là tỉnh Kumamoto. Lực lượng Phòng vệ (SDF) đã cử các binh sĩ tới khu vực này để hỗ trợ công tác tìm kiếm cứu hộ. Tuy nhiên, công tác cứu nạn gặp rất nhiều khó khăn do thời tiết xấu kèm dự báo sẽ tiếp tục có thêm các trận mưa lớn.