Cụ thể, tại đoạn đường ngang giao với đường sắt thuộc ngõ ngõ 15 Ngọc Hồi (phường Hoàng Liệt, quận Hoàng Mai), tàu khách Bắc Nam đang trên đường từ ga Văn Điển về ga Giáp Bát, đã va chạm với một người điều khiển xe máy mang biển kiểm soát 29HB-007.95.
Sau vụ va chạm, xe máy và nạn nhân bị tàu hoả hất văng ra xa hàng chục mét, nạn nhân tử vong tại chỗ. Vụ việc xảy ra trong hành lang an toàn đường sắt, khu vực bên trong hàng rào ngăn đường sắt với đường Giải Phóng.
Thông tin ban đầu, nạn nhân tử vong là anh N.M.C, sinh năm 1984, ở phường Yên Sở, quận Hoàng Mai, Hà Nội. Anh N.M.C đang trên đường vào nhà bố đẻ là ông D. (ở trong ngõ 825 đường Giải Phóng, phường Hoàng Liệt, quận Hoàng Mai). Cơ quan chức năng đã liên hệ với gia đình anh N.M.C để phối hợp xử lý vụ việc.
Khu vực giao cắt đường sắt với các đường ngang trên khu vực quận Hoàng Mai và huyện Thanh Trì dài hơn 10 km đều đã lắp đặt hệ thống cảnh báo khi tàu hoả đi qua.