Theo đơn khởi kiện của Công ty Bảo Sơn, năm 1995, Bảo Sơn được UBND thành phố Hà Nội cho thuê 5.004 m2 đất tại phường Láng Thượng – quận Đống Đa để xây dựng khách sạn, văn phòng làm việc. Thời hạn sử dụng đất là 20 năm. Công ty đã ký hợp đồng thuê đất số 04, giá tạm tính là 5% giá đất theo khung giá do UBND thành phố Hà Nội quy định (95.000 đồng/m2/năm). Nguyên tắc điều chỉnh là tiền thuê đất thay đổi khi Nhà nước và UBND thành phố có quyết định thay đổi khung giá đất trên địa bàn Hà Nội.
Năm 2006, UBND thành phố Hà Nội thu hồi 1.911 m2 đất. Công ty được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất với diện tích còn lại là 3.093 m2.
Sở Tài nguyên và Môi trường và Công ty Bảo Sơn đã ký hợp đồng thuê đất số 27 với giá thuê là 106.575 đồng/m2/năm. Hai bên thỏa thuận và thống nhất áp dụng tỷ lệ % để tính đơn giá thuê đất cố định là 0,7% nhưng vẫn giữ nguyên tắc điều chỉnh giá thuê đất theo hợp đồng cũ.
Công ty đã nộp tiền thuê đất từ năm 2006-2011 với mức 326,9 triệu đồng/năm. Đến năm 2011, sau khi hết 5 năm chu kỳ nộp tiền lần đầu, Cục Thuế, Sở Tài chính và Chi cục Thuế quận Đống Đa đã tính lại giá thuê đất mới.
Ngày 22/10/2013, Sở Tài chính Hà Nội có quyết định số 5705 với 2 nội dung là xác định giá thuê đất năm 2011-2015 và phê duyệt đơn giá thuê đất từ 2015-2018, áp tỷ lệ tính phần trăm đơn giá thuê đất mới cho Bảo Sơn là 2,8%, điều chỉnh đơn giá tăng gấp hơn 12 lần so với mức giá thuê của chu kỳ ổn định 5 năm trước.
Theo đó, điều chỉnh tiền thuê đất năm 2011 lên 3,5 tỷ đồng; năm 2012 là 4,5 tỷ đồng và năm 2013 là 4,4 tỷ đồng. Trước đó từ năm 2006-2011, công ty nộp tiền thuê đất với mức giá ổn định là 326 triệu đồng/năm.
Do chính sách pháp luật thay đổi, từ ngày 1/7/2014, Nghị định số 46/2004/NĐ-CP ngày 15/5/2014 có hiệu lực pháp luật, quy định thẩm quyền xác định đơn giá thuê đất thuộc Cục trưởng Cục Thuế, không phải là Giám đốc Sở Tài chính.
Ngày 10/4/2015, Công ty Bảo Sơn gửi Công văn số 22 đến Chi cục Thuế quận Đống Đa, Cục Thuế thành phố Hà Nội đề nghị xác định lại đơn giá thuê đất.
Ngày 14/10/2015, Cục Thuế thành phố Hà Nội đã chủ trì cuộc họp cùng liên ngành các cơ quan chức năng của thành phố và Công ty Bảo Sơn để điều chỉnh lại giá thuê đất của công ty.
Tại cuộc họp này, Cục Thuế Hà Nội và Sở Tài chính điều chỉnh lại tỷ lệ tính phần trăm đơn giá là 2% và 1,4%. Ngày 15/10/2015, Công ty Bảo Sơn có công văn đến hai cơ quản quản lý này để kiến nghị về giá thuê đất là không phù hợp, cao gấp 8 lần so với chu kỳ ổn định 5 năm trước (2006-2011).
Công ty Bảo Sơn cho rằng, Cục Thuế Hà Nội không giải quyết kiến nghị của doanh nghiệp mà ban hành ngay Thông báo số 68117 ngày 20/10/2015 để áp đơn giá thuê đất mới từ ngày 1/1/2015 đến ngày 26/8/2018. Sau khi ra thông báo, ngày 22/10/2015, Cục Thuế Hà Nội mới có công văn trả lời kiến nghị của Công ty Bảo Sơn là không có cơ sở.
Tại phiên tòa, Hội đồng xét xử đã xác định Thông báo 68117 là văn bản điều chỉnh Quyết định 5705 và cho rằng Công ty Bảo Sơn không thực hiện đúng trình tự khiếu kiện, khiếu nại. Tất cả các văn bản của Công ty Bảo Sơn chỉ là kiến nghị về việc không đồng ý với mức giá thuê mới, không thể hiện việc khiếu nại.
Tại phiên xử, đại diện Công ty Bảo Sơn cho rằng, công ty này vẫn đang khiếu nại Quyết định 5705 của Cục Thuế thành phố Hà Nội, nhưng các chứng cứ của Công ty Bảo Sơn giao nộp cho Tòa đều thể hiện công ty không khiếu nại đối với Quyết định 5705 của Sở Tài chính thành phố Hà Nội. Vì vậy, Quyết định 5705 có hiệu lực thi hành. Trên cơ sở đó, Tòa đã bác đơn khởi kiện của Công ty Bảo Sơn.