Theo cáo trạng, trong thời gian từ năm 2010 đến cuối tháng 6/2017, Huỳnh Ngọc Long đã lợi dụng việc thành lập tổ bảo vệ chuyên trách để xin mua 8 khẩu súng và 50 viên đạn là công cụ hỗ trợ không đúng luật. Long còn lợi dụng danh nghĩa phụ trách Tạp chí Kiểm sát phía Nam để tự ý đăng ký con dấu tròn “Cơ quan đại diện Tạp chí Kiểm sát phía Nam”, từ đó ban hành các công văn, giấy tờ cho các hoạt động của Tạp chí và cộng tác viên trái công vụ.
Bị cáo còn đăng ký 6 ô tô và 5 xe máy mang tên Cơ quan đại diện Tạp chí Kiểm sát phía Nam và được cấp biển kiểm soát màu xanh, sau đó đưa cho các doanh nghiệp và cá nhân khác sử dụng. Trong đó, Long đã mua đi bán lại một ô tô thu lợi cá nhân 100 triệu đồng.
Bị cáo Long còn tự ý chỉ đạo in và phát hành 182 logo truyền hình kiểm sát, đã bán 155 cái để các cá nhân dán vào xe ô tô riêng thu tiền hơn 234 triệu. Bị cáo chỉ đạo in và phát hành 341 thẻ cộng tác viên các loại bán cho các cá nhân thu được gần 2 tỷ đồng; làm biển có tên phù hiệu kiểm sát cho 46 người, đặt may trang phục kiểm sát, làm cấp hàm, cấp hiệu cho 42 người, cấp phát cho 13 người... Ngoài ra Long còn thu được các nguồn khác hơn 366 triệu nhưng không xác định được do không có ghi chép cụ thể sổ sách.
Tại phiên tòa, đại diện Viện Kiểm sát nhân dân TP Hồ Chí Minh giữ quyền công tố cho rằng hành vi của Long đã làm mất uy tín của cơ quan Tạp chí Kiểm sát, xâm phạm đến hoạt động quản lý và nghiệp vụ, ảnh hưởng đến công tác cán bộ của tạp chí này. Đại diện Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Long mức án từ 6 - 7 năm tù.
Dù bị cáo cho rằng hành vi của mình chỉ bị xử lý hành chính chứ không phải xử lý hình sự nhưng Hội đồng xét xử đánh giá, những bằng chứng đã đủ cơ sở quy kết hành vi phạm tội của bị cáo như cáo trạng. Do số tiền kiếm được từ hành vi phạm tội, bị cáo không vụ lợi cá nhân mà chỉ đạo cấp dưới nhận quỹ để chi tiêu cho hoạt động của Cơ quan đại diện Tạp chí Kiểm sát phía Nam, đồng thời bị cáo cũng tự nguyện nộp lại 100 triệu đồng nên Hội đồng xét xử xem xét giảm nhẹ một phần hình phạt cho bị cáo. Từ đó, Hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Huỳnh Ngọc Long 4 năm tù giam. Về vật chứng của vụ án như giấy đăng ký xe, biển kiểm soát màu xanh, súng và đạn… Hội đồng xét xử tuyên giao cho Công an TP Hồ Chí Minh xử lý theo quy định.
Về việc để xảy ra những sai phạm của Long, ông Nguyễn Như Hùng (Tổng Biên tập Tạp chí Kiểm sát) và ông Lâm Huy Chiêu (nguyên Phó Tổng Biên tập Tạp chí Kiểm sát) đã bị Đảng ủy Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao kỷ luật về Đảng bằng hình thức khiển trách và đang xem xét kỷ luật hành chính.