Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội, ngày 2/5/2024, Cơ quan An ninh điều tra Công an thành phố Hà Nội nhận hồ sơ, tài liệu tin báo về tội phạm do Phòng An ninh mạng và Phòng chống tội phạm sử dụng công nghệ cao, Công an thành phố Hà Nội chuyển đến. Trong đó có nêu: đối tượng Đoàn Bảo Châu tham gia phát trực tiếp trên kênh Youtube “BBC Tiếng Việt” và Facebook cá nhân “Chau Doan” với nội dung thông tin xuyên tạc, phỉ báng chính quyền nhân dân; bịa đặt, gây hoang mang trong nhân dân và gây chiến tranh tâm lý.
Ngày 24/4/2025, Cơ quan An ninh điều tra ra quyết định khởi tố vụ án hình sự, đến ngày 30/6/2025 ra quyết định khởi tố bị can đối với Đoàn Bảo Châu về tội “Làm, tàng trữ, phát tán hoặc tuyên truyền thông tin, tài liệu, vật phẩm nhằm chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam”. Tuy nhiên, Đoàn Bảo Châu đã bỏ trốn. Ngày 25/7/2025, Cơ quan công an ra quyết định truy nã.
Cơ quan công an xác định, Đoàn Bảo Châu là người tạo lập, quản lý và sử dụng tài khoản Facebook “Chau Doan”, từ năm 2016 - 2021, đối tượng đã quay trực tiếp và phát các video clip có nội dung tuyên truyền luận điệu chiến tranh tâm lý, phao tin bịa đặt, gây hoang mang trong nhân dân lên mạng xã hội Facebook, để tuyên truyền nhằm chống Nhà nước, chống chính quyền.
Kết luận giám định cho thấy, có 6 clip của Đoàn Bảo Châu chứa nội dung “tuyên truyền luận điệu chiến tranh tâm lý, phao tin bịa đặt gây hoang mang trong nhân dân” và “xuyên tạc, vu khống, xúc phạm uy tín của tổ chức, danh dự và nhân phẩm của cá nhân”.
Tại cơ quan điều tra, Đoàn Bảo Châu khai nhận giọng nói, hình ảnh trong các clip trên là của mình nhưng cho rằng không có mục đích chống Nhà nước. Sau đó, Đoàn Bảo Châu đã bỏ trốn.
Cơ quan công an đã niêm yết các văn bản tố tụng đối với Đoàn Bảo Châu tại UBND phường Giảng Võ; vận động và gửi thư kêu gọi đầu thú (thông qua vợ của Châu); đăng tin truy nã trên các phương tiện thông tin đại chúng…
Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội kêu gọi Đoàn Bảo Châu ra đầu thú để hưởng sự khoan hồng của pháp luật và có mặt tại phiên tòa để thực hiện quyền tự bào chữa theo quy định của pháp luật.