Sau thời gian đấu tranh chuyên án để làm rõ những hành vi vi phạm pháp luật trong hoạt động khai thác, chế biến và tiêu thụ trái phép quặng đất hiếm, quặng sắt tại mỏ Yên Phú, xã Yên Phú, huyện Văn Yên, tỉnh Yên Bái của Công ty cổ phần Tập đoàn Thái Dương, ngày 9/10/2023, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu đã đồng loạt khám xét khẩn cấp 21 địa điểm khai thác, tập kết, kinh doanh và nhà riêng của các các đối tượng có liên quan tại tỉnh Yên Bái và 3 tỉnh, thành phố khác có liên quan; tạm giữ ước tính 13.715 tấn quặng đất hiếm và hơn 1.400 tấn quặng sắt.
Quá trình điều tra bước đầu xác định: Đoàn Văn Huấn, Chủ tịch Hội đồng Quản trị, kiêm Tổng Giám đốc và Nguyễn Văn Chính, Phó Tổng Giám đốc, kiêm Kế toán trưởng Công ty cổ phần Tập đoàn Thái Dương đã chỉ đạo, tổ chức khai thác, tiêu thụ trái phép hơn 11.200 tấn quặng đất hiếm trị giá khoảng 440 tỷ đồng và 152.800 tấn quặng sắt trị giá khoảng 192 tỷ đồng, hưởng lợi bất chính khoảng 632 tỷ đồng; vi phạm Chỉ thị số 02/CT-TTg của Thủ tướng Chính phủ, các khoản 3, 5, 7 Điều 2 và Điều 3 Giấy phép khai thác khoáng sản số 927/GP-BTNMT.
Ngoài ra, Đoàn Văn Huấn và Nguyễn Văn Chính còn thỏa thuận với Công ty cổ phần Đất hiếm Việt Nam và Công ty Hợp Thành Phát trong quá trình mua bán quặng đất hiếm và quặng sắt, xuất hóa đơn VAT giảm số lượng và đơn giá bán thực tế; giúp Công ty cổ phần Tập đoàn Thái Dương để ngoài sổ sách kế toán trên 28 tỷ đồng thu được từ việc bán quặng đất hiếm và quặng sắt, không thực hiện nghĩa vụ kê khai nộp thuế, gây thiệt hại (tạm tính) cho Nhà nước trên 7,5 tỷ đồng.
Ngày 17/10/2023, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự Vi phạm quy định về thăm dò, khai thác tài nguyên và Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng xảy ra tại Công ty cổ phần Tập đoàn Thái Dương và các đơn vị có liên quan; khởi tố bị can, ra Lệnh bắt bị can để tạm giam và Lệnh khám xét với 6 đối tượng về 2 tội danh.
Trong đó, Đoàn Văn Huấn, Chủ tịch Hội đồng Quản trị, kiêm Tổng Giám đốc và Nguyễn Văn Chính, Phó Tổng Giám đốc, kiêm Kế toán trưởng Công ty cổ phần Tập đoàn Thái Dương bị khởi tố về tội "Vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên" và tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng", quy định tại khoản 2 Điều 227 và khoản 3 Điều 221 Bộ luật Hình sự.
Cơ quan điều tra khởi tố bị can, ra Lệnh bắt bị can để tạm giam đối với: Đặng Trần Chí, Giám đốc và Phạm Thị Hà, Kế toán Công ty Hợp Thành Phát; Lưu Anh Tuấn, Chủ tịch Hội đồng quản trị và Nguyễn Thị Hiền, Kế toán Công ty cổ phần Đất hiếm Việt Nam về tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng", quy định tại khoản 3 Điều 221 Bộ luật Hình sự.
Ngày 19/10/2023, sau khi Viện Kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn; Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã thi hành các Quyết định và Lệnh tố tụng đối với 6 bị can theo đúng quy định pháp luật.
Hiện Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang tập trung điều tra làm rõ tính chất, vai trò, hành vi phạm tội của các bị can và đối tượng có liên quan để mở rộng điều tra, làm rõ bản chất vụ án, thu hồi triệt để tài sản cho Nhà nước.