Trước đó, ở giai đoạn 1 của vụ án, Trần Phương Bình đã nhận mức án chung thân vì các hành vi lạm dụng chức vụ quyền hạn, cố ý làm trái quy định pháp luật gây thiệt hại cho DAB 3.608 tỷ đồng.
Cụ thể, theo Hội đồng xét xử, bị cáo Trần Phương Bình là chủ mưu, người chỉ đạo các bị cáo trong vụ án và các đối tượng liên quan thực hiện các hành vi phạm tội xuyên suốt toàn bộ vụ án. Qua 2 giai đoạn, hành vi phạm tội Trần Phương Bình và các đồng phạm là nguyên nhân chính dẫn đến thực trạng DAB bị lỗ lũy kế 31.076 tỷ đồng; vốn chủ sở hữu bị âm 25.451 tỷ đồng và tổng tài sản thực của ngân hàng chỉ còn 47.011 tỷ đồng.
Hành vi phạm tội của Trần Phương Bình và các đồng phạm gây ra là đặc biệt nghiêm trọng. Hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Trần Phương Bình mức án chung thân về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản", 20 năm tù về tội "Vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng", tổng hợp hình phạt là tù chung thân. Tổng hợp hình phạt với bản án về giai đoạn 1 của vụ án buộc bị cáo chấp hành hình phạt chung là tù chung thân.
Trong thời gian từ năm 2007-2013, Trần Phương Bình đã chỉ đạo các bị cáo trong vụ án và các đối tượng liên quan thực hiện hành vi vi phạm quy định về hoạt động ngân hàng, gây thiệt hại cho DAB hơn 8.827 tỷ đồng. Trong đó, riêng việc cho bốn nhóm khách hàng gồm các Công ty Hiệp Phú Gia và Công ty Thái Thịnh (gọi tắt là nhóm TTC), Đồng Tiến, nhóm M&C, Tân Vạn Hưng vay đã gây thiệt hại cho ngân hàng 8.751 tỷ đồng. Bị cáo Bình đã bàn bạc với các nhóm khách hàng gồm Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Thái Thịnh (TTC) Nguyễn Thiện Nhân (đang bỏ trốn), Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Tổng giám đốc Công ty M&C Phùng Ngọc Khánh... để dùng nhiều pháp nhân vay tiền của DAB. Các khoản vay đều không được sử dụng đúng mục đích, vi phạm quy định pháp luật. Ngoài ra, Trần Phương Bình đã có hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn chiếm đoạt 75,6 tỷ đồng, khi nhờ một số cá nhân đứng tên vay tiền tại DAB rồi chỉ đạo cấp dưới lập chứng từ thu, nộp khống, chiếm đoạt của DAB số tiền này nhằm trả các khoản nợ.
Đối với bị cáo Phùng Ngọc Khánh, Hội đồng xét xử nhận định vai trò của bị cáo này chỉ đứng sau Trần Phương Bình trong vụ án. Bị cáo đã bàn bạc, thông đồng với Trần Phương Bình trong việc cho vay sai quy định với nhóm khách hàng M&C. Bị cáo Khánh đã giúp sức tích cực cho Trần Phương Bình trong việc tạo lập hồ sơ khống, dùng pháp nhân của nhiều công ty không đủ điều kiện vay vốn đứng tên vay vốn, gây thiệt hại cho DAB hơn 3.949 tỷ đồng. Hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Phùng Ngọc Khánh 18 năm tù về tội "Vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng".
Hội đồng xét xử cũng ghi nhận thái độ thành khẩn khai báo của các bị cáo, nhiều bị cáo là cấp dưới phạm tội với vai trò lệ thuộc, tuân theo chỉ đạo của cấp trên, không hưởng lợi cá nhân. 10 bị cáo còn lại bị tuyên phạt mức án thấp nhất là 2 năm tù nhưng cho hưởng án treo đến cao nhất là 7 năm tù, cùng về tội danh "Vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng".
Về trách nhiệm dân sự, Hội đồng xét xử tuyên buộc bị cáo Bình bồi hoàn hơn 2.000 tỷ đồng cho DAB; bị cáo Phùng Ngọc Khánh bồi hoàn số tiền hơn 3.949 tỷ đồng đã gây thiệt hại cho DAB thông qua các khoản vay của nhóm M&C. Ngoài ra, Hội đồng xét xử tuyên buộc các tổ chức, cá nhân liên quan hoàn trả nhiều khoản tiền lớn khác cho DAB như buộc bà Vũ Thị Liên và Công ty Tân Vạn Hưng hoàn trả hơn 1.857 tỷ đồng cho DAB,...
Để đảm bảo nghĩa vụ thi hành án và thu hồi triệt để tài sản cho Nhà nước, Hội đồng xét xử cũng tuyên duy trì kê biên nhiều tài sản là bất động sản, vốn góp đầu tư dự án, cổ phần,... liên quan trong vụ án.