Ngoài án phạt tù, Tòa còn tuyên buộc bị cáo Phát phải bồi thường hơn 2,6 tỷ đồng chiếm đoạt của bị hại.
Tại phiên tòa, đã làm rõ, Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Trần Phát (viết tắt là Công ty Trần Phát) có trụ sở chính là Khu Công nghiệp Vĩnh Tuy (Hà Nội), đăng ký nhiều ngành nghề kinh doanh, trong đó có kinh doanh giấy. Trần Mạnh Phát là Giám đốc công ty và là người đại diện theo pháp luật.
Công ty Trần Phát và 3 công ty: Công ty cổ phần đầu tư phát triển Tân Hồng Lan (viết tắt là Công ty Tân Hồng Lan, trụ sở chính tại quận Tây Hồ, Hà Nội), Công ty cổ phần xuất nhập khẩu thủ công mỹ nghệ (viết tắt là Công ty Artexport, trụ sở tại phố Phạm Sư Mạnh, quận Hoàn Kiếm, Hà Nội), Công ty Trách nhiệm hữu hạn Hòa Bình (viết tắt là Công ty Hòa Bình, trụ sở tại phường Vĩnh Hưng, quận Hoàng Mai, Hà Nội) có quan hệ hợp tác, kinh doanh mua bán giấy với nhau từ năm 2012.
Bốn công ty này hợp tác theo phương thức như sau: Trần Mạnh Phát có hiểu biết về giấy công nghiệp nên đi tìm nguồn hàng, thỏa thuận, đàm phán giá cả, sau đó báo lại cho Công ty Artexport đứng ra ký hợp đồng, nhập khẩu trực tiếp. Công ty Artexport là đơn vị chịu trách nhiệm thanh toán tiền hàng và mọi chi phí khi hàng về đến Việt Nam. Hàng hóa sau khi được nhập về sẽ bán cho Công ty Tân Hồng Lan để Công ty Tân Hồng Lan bán cho Công ty Trần Phát. Khi hàng về đến cảng, Công ty Artexport chủ động thông báo cho Công ty Tân Hồng Lan và Công ty Trần Phát. Công ty Tân Hồng Lan sẽ giao hàng tại kho Công ty Trần Phát (thể hiện bằng Biên bản giao nhận), đồng thời xuất hóa đơn giá trị gia tăng bán hàng kèm theo. Sau khi mua hàng của Công ty Tân Hồng Lan, Công ty Trần Phát bán cho Công ty Hòa Bình để sản xuất thành phẩm bán ra thị trường.
Khi Công ty Artexport bán hàng cho Công ty Tân Hồng Lan, Artexport lập biên bản gửi hàng chuyển Công ty Tân Hồng Lan. Công ty Tân Hồng Lan căn cứ vào khối lượng, chủng loại trên Biên bản gửi hàng của Artexport để lập biên bản gửi hàng giữa Công ty Tân Hồng Lan và Công ty Trần Phát. Sau khi hàng được chuyển vào kho của Công ty Trần Phát, thủ kho của Công ty Trần Phát sẽ lập các phiếu nhập kho để xác nhận số lượng hàng được gửi. Các phiếu này sẽ được kế toán của Công ty Tân Hồng Lan đối chiếu ký xác nhận khi Công ty Trần Phát đã nhận đủ hàng.
Quá trình hợp tác kinh doanh, Công ty Trần Phát và Công ty Tân Hồng Lan đã ký 5 hợp đồng kinh tế mua bán giấy công nghiệp và đã thực hiện xong, có biên bản đối chiếu công nợ. Số tiền Công ty Trần Phát còn nợ Công ty Tân Hồng Lan của 5 hợp đồng trên là 4,3 tỷ đồng.
Tháng 12/2013, Công ty Tân Hồng Lan nhập giấy công nghiệp về và gửi hơn 320 tấn giấy công nghiệp vào kho của Công ty Trần Phát. Vì công nợ còn nhiều mà Công ty Trần Phát vẫn khất lần không trả tiền nên khi lô hàng 320 tấn giấy nói trên nhập về, Công ty Tân Hồng Lan không bán hàng cho Công ty Trần Phát như 5 hợp đồng trước nữa mà thay thế bằng hợp đồng gửi giữ.
Sau khi nhận giữ hơn 320 tấn giấy công nghiệp của Công ty Tân Hồng Lan, Trần Mạnh Phát đã bán số lượng giấy trên cho Công ty Hòa Bình mà không được sự đồng ý của Công ty Tân Hồng Lan. Công ty Tân Hồng Lan nhiều lần có văn bản đề nghị Công ty Trần Phát bàn giao lại lô hàng 320 tấn giấy này nhưng Công ty Trần Phát không giao lại hàng. Công ty Tân Hồng Lan đã làm đơn gửi tới Cơ quan điều tra Bộ Công an, tố cáo Trần Mạnh Phát lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt hơn 320 tấn giấy (trị giá trên 3,1 tỷ đồng).
Hiện gia đình bị cáo Trần Mạnh Phát mới bồi thường cho Công ty Tân Hồng Lan 500 triệu đồng. Hội đồng xét xử xác định, bị cáo Phát còn chiếm đoạt hơn 2,6 tỷ đồng của Công ty Tân Hồng Lan và phải có trách nhiệm hoàn trả cho bị hại.