Với chủ trương phát triển khu công nghiệp(KCN) đi đôi với bảo vệ môi trường, các KCN trong phạm vi Tổng Công ty Sonadezi (gồm: KCN Biên Hòa 1, KCN Biên Hoà 2, KCN Gò Dầu, KCN Xuân Lộc, KCN Long Thành, KCN Giang Điền, KCN Nhơn Trạch 2, KCN Thạnh Phú, KCN Amata và KCN Định Quán) đều đầu tư xây dựng nhà máy xử lý nước thải tập trung (NMXLNTTT) song song với đầu tư hạ tầng KCN trước khi mời gọi khách hàng vào thuê đất. Đến nay, 8 KCN đã có NMXLNTTT đi vào hoạt động, 2 KCN đang triển khai đầu tư xây dựng NMXLNTTT là KCN Thạnh Phú và KCN Giang Điền. Tổng kinh phí đầu tư các NMXLNTTT là hơn 234 tỷ đồng. Tổng công suất thiết kế của các NMXLNTTT là 60.680 m3/ngày đêm, tổng công suất đã xây dựng là 31.300 m3/ngày đêm, công suất hoạt động thực tế là 18.180 m3/ngày đêm.
Hiện nay, các NMXLNTTT tại các KCN của Sonadezi đang sử dụng công nghệ xử lý sinh học bùn hoạt tính hiếu khí, được thiết kế bởi các đơn vị thiết kế trong và ngoài nước. Tiêu chuẩn nước thải sau xử lý là QCVN 24:2009/BTNMT, cột A hoặc cột B tuỳ thuộc vào nguồn tiếp nhận nước thải. Để đảm bảo công tác vận hành của NMXLNTTT, các đơn vị thành viên làm chủ đầu tư hạ tầng KCN đã thi công hệ thống thu gom nước mưa của KCN tách riêng hoàn toàn với hệ thống thu gom nước thải của KCN, đồng thời yêu cầu các doanh nghiệp trong KCN phải thực hiện tách riêng hoàn toàn hệ thống thu gom nước mưa, nước thải trong nội bộ doanh nghiệp. Song song đó, các đơn vị thành viên là chủ đầu tư hạ tầng KCN cũng thực hiện kiểm soát chất lượng nước thải đấu nối của các doanh nghiệp nhằm đảm bảo đạt giới hạn tiếp nhận của NMXLNTTT và công tác vận hành NMXLNTTT được thực hiện theo đúng quy trình thiết kế.
Để kiểm soát quá trình xử lý nước thải, các đơn vị vận hành NMXLNTTT thực hiện lấy mẫu hàng ngày để phân tích kiểm tra tại phòng thí nghiệm. Hiện nay, các KCN cũng đang triển khai lắp đặt hệ thống quan trắc tự động các thông số cơ bản chất lượng nước thải đầu ra tại NMXLNTTT. Sau khi các hệ thống quan trắc tự động hoạt động ổn định, các thông số nước thải sẽ được giám sát liên tục 24/24 giờ, tạo điều kiện để có thể điều chỉnh thông số vận hành kịp thời, đảm bảo nước thải sau xử lý đạt quy chuẩn môi trường quy định trước khi xả ra môi trường tiếp nhận. Kết quả nước thải sau xử lý tại NMXLNTTT được tập hợp và báo cáo định kỳ trong Báo cáo tình hình thực hiện giấy phép xả nước thải vào nguồn nước và Báo cáo giám sát môi trường của KCN, sau đó gửi về cơ quan cấp phép xả nước thải vào nguồn nước và cơ quan phê duyệt Báo cáo đánh giá tác động môi trường của KCN, đồng thời gửi Sở Tài nguyên và Môi trường Đồng Nai và Ban quản lý các KCN Đồng Nai.
Đồng thời, để nâng cao chất lượng xử lý nước thải tại các NMXLNTTT, Tổng Công ty Sonadezi đã thành lập một doanh nghiệp chuyên về xử lý môi trường trong KCN - Công ty cổ phần dịch vụ Sonadezi (SDV). Hiện nay Công ty SDV đang cung cấp dịch vụ về môi trường và vận hành các NMXLNTTT trong phạm vi Tổng Công ty Sonadezi.
PV