Cơ cấu nguồn vốn đầu tư của dự án sau điều chỉnh gồm: Vốn vay Ngân hàng Phát triển châu Á (ADB) 8.065 tỷ đồng (giảm 5.588 tủ đồng), vốn vay Cơ quan Hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA) 10.587 tỷ đồng (giảm 1.388 tỷ đồng), vốn đối ứng 3.872 tỷ đồng (giảm 1.817 tỷ đồng), bổ sung vốn Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) tự thu xếp 7.547 tỷ đồng.
Thủ tướng Chính phủ cũng đồng ý điều chỉnh cơ chế tài chính đối với nguồn vốn vay Ngân hàng Phát triển châu Á theo cơ chế VEC vay lại 100% vốn vay nước ngoài.
Để dự án trên sớm hoàn thành, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu Bộ Giao thông Vận tải chủ trì, phối hợp với Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp và các bộ, cơ quan liên quan chỉ đạo VEC khẩn trương triển khai ngay các thủ tục bố trí vốn, đấu thầu, điều chỉnh hợp đồng theo thẩm quyền để thi công và hoàn thành dự án theo thời gian được phê duyệt.
VEC căn cứ các hợp đồng đã ký và phối hợp với các cơ quan liên quan trong giải quyết, xác định các chi phí phát sinh bảo đảm hợp lý, hợp lệ, tính chính xác của các số liệu, bảo đảm tiết kiệm, hiệu quả, tránh thất thoát, lãng phí.
Bộ Tài chính chủ trì thực hiện quyết toán vốn đối ứng, vốn nước ngoài đã được ngân sách Nhà nước cấp phát trực tiếp cho dự án.
UBND Tp. Hồ Chí Minh, tỉnh Đồng Nai khẩn trương hoàn thành dứt điểm giải phóng mặt bằng, bàn giao mặt bằng sạch cho các nhà thầu trong quý III/2023 để triển khai thi công, hoàn thành dự án.
Cao tốc Bến Lức - Long Thành dài gần 58 km được khởi công tháng 7/2014. Công trình có điểm đầu ở nút giao cao tốc Trung Lương và Vành đai 3 Tp. Hồ Chí Minh (địa phận Long An); điểm cuối giao quốc lộ 51 (Đồng Nai). Tuyến đường dự kiến hoàn thành sau 5 năm, tạo trục huyết mạch nối hai vùng Đông - Tây Nam Bộ, giảm ùn tắc cho Tp. Hổ Chí Minh nhưng đến nay vẫn chưa xong.
Khó khăn của dự án được xác định là do về nguồn vốn đối ứng. Việc này dẫn đến các nguồn vốn vay không giải ngân được và khi hiệp định vay vốn hết hạn thì không gia hạn được.