Do đó, các doanh nghiệp trong nước sản xuất hàng hóa thuộc nhóm này không phải đóng thuế giá trị gia tăng cho sản phẩm đầu ra, song cũng không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào trong quá trình sản xuất kinh doanh. Trong khi đó, sản phẩm tương tự nhập khẩu không phải chịu thuế giá trị gia tăng khi nhập khẩu, nhưng lại được hoàn thuế giá trị gia tăng khi xuất khẩu.
Phản hồi đề nghị của Bộ Tài chính về việc góp ý hoàn thiện dự án Luật Thuế giá trị gia tăng (sửa đổi) và trên cơ sở tổng hợp ý kiến từ các hiệp hội ngành hàng cũng như tiến hành khảo sát nhanh một số doanh nghiệp có liên quan, VCCI cho biết, số thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ của các mặt hàng trên xuất phát từ các chi phí đầu vào chịu thuế như chi phí nhà xưởng, văn phòng, năng lượng (điện, than, xăng dầu), vận tải, mua sắm máy móc, trang thiết bị, phương tiện giao thông, bao bì, in ấn, quảng cáo và một số chi phí khác.
Tỷ lệ thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ trong giá thành của các mặt hàng này khác nhau, tùy theo từng dòng sản phẩm và doanh nghiệp cụ thể.
Theo VCCI, nội dung dự thảo của Bộ Tài chính chủ trương thu hẹp phạm vi đối tượng không chịu thuế. Đây là quan điểm hợp lý và cần thiết nhằm khuyến khích sản xuất trong nước. Tuy nhiên, dự thảo mới chỉ đề cập vấn đề này đối với lĩnh vực phân bón, tàu cá và máy móc nông nghiệp với giải pháp là chuyển các mặt hàng này từ diện không chịu thuế sang diện thuế suất 5%. Các mặt hàng còn lại thuộc diện không chịu thuế, nhưng cũng chưa có giải pháp.
Từ thực tế của doanh nghiệp, bà Nguyễn Kim Huệ, Giám đốc điều hành Công ty cổ phần Trần Gia cho hay, đơn vị chuyên sản xuất các mặt hàng chế biến từ thủy hải sản các loại. Đây là mặt hàng không phải chịu thuế đầu ra nên đương nhiên sẽ không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng cho các loại chi phí đầu vào của doanh nghiệp. Qua đó, gây khó khăn rất lớn, nhất là đối với những doanh nghiệp quy mô nhỏ và vừa hay ở giai đoạn khởi nghiệp khi chưa có nhiều thị trường và thu chưa đủ chi. Đồng thời, ảnh hưởng tới tính cạnh tranh về giá thành của sản phẩm và cần được các cơ quan quản lý Nhà nước xem xét, điều chỉnh sao cho hài hòa về quyền và lợi ích của người đóng thuế.
Trên cơ sở đó, VCCI đề nghị cơ quan soạn thảo tiếp tục rà soát để loại bỏ các mặt hàng thuộc đối tượng không chịu thuế theo một số nguyên tắc. Đối với các loại hàng hóa, dịch vụ mà Việt Nam không nhập khẩu từ nước ngoài (hoàn toàn tự sản xuất, cung ứng và tiêu dùng trong nước) thì tiếp tục duy trì diện không chịu thuế. Đối với các loại hàng hóa, dịch vụ mà Việt Nam nhập khẩu từ nước ngoài để tiêu dùng trong nước thì cần loại bỏ khỏi diện không chịu thuế mà chuyển sang các mức thuế suất phù hợp.
Về các mức thuế suất khi chuyển các mặt hàng không chịu thuế, cơ quan soạn thảo có thể cân nhắc một số phương án như: chuyển các mặt hàng không chịu thuế sang diện chịu thuế với các mức thuế suất 5% hoặc 0%. Có thể nghiên cứu chuyển các mặt hàng không chịu thuế sang diện chịu thuế với các mức thuế suất khác nhau hoặc cho phép doanh nghiệp trong nước chọn phương pháp tính thuế.
Theo VCCI, đối với các doanh nghiệp trong nước sản xuất các mặt hàng không thuộc diện chịu thuế theo pháp luật hiện hành có chi phí thuế chưa được khấu trừ trong giá thành sản phẩm nhỏ hơn 5% sẽ có xu hướng lựa chọn phương pháp tính thuế trực tiếp, tức là thuế suất 0% trên doanh thu và không được khấu trừ đầu vào. Về lý thuyết, diện không chịu thuế và diện thuế suất 0% trên doanh thu theo phương pháp trực tiếp là tương đương do đều không có thuế đầu ra và không được khấu trừ thuế đầu vào. Như vậy, việc kê khai và nộp thuế đối với nhóm này không có gì thay đổi lớn so với hiện hành...