Theo quyết định, Ban quản lý dự án Thăng Long có nhiệm vụ lập báo cáo nghiên cứu khả thi dự án đường sắt cao tốc Bắc - Nam; chịu trách nhiệm toàn diện về chất lượng, tiến độ và giá thành.
Ban quản lý dự án Thăng Long cũng có trách nhiệm chủ động làm việc với các cơ quan, tổ chức liên quan để tiếp nhận toàn bộ kết quả nghiên cứu đã thực hiện trước đó, tận dụng tối đa trong quá trình nghiên cứu và lập báo cáo.
Đối với Ban quản lý dự án Đường sắt được giao nhiệm vụ lập Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi các dự án gồm: đầu tư tuyến đường sắt Hà Nội – Đồng Đăng; đầu tư tuyến đường sắt Hải Phòng – Hạ Long – Móng Cái; đầu tư tuyến đường sắt vành đai phía Đông Ngọc Hồi – Lạc Đạo.
Giám đốc Ban quản lý dự án Thăng Long và Ban quản lý dự án Đường sắt chịu trách nhiệm thực hiện chức năng, nhiệm vụ chủ đầu tư theo quy định của pháp luật; chịu trách nhiệm về chất lượng, tiến độ, giá thành; rà soát, kiện toàn tổ chức, nâng cao năng lực để đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ được giao theo quy định của pháp luật về xây dựng và các quy định pháp luật có liên quan.