Theo Bộ Giao thông Vận tải, hiện Tổng cục Đường bộ Việt Nam mới chỉ nêu được khái quát hình thức tổ chức khai thác, chưa có đề xuất sửa đổi, bổ sung các quy định pháp luật hướng dẫn thực hiện, chưa đề xuất cụ thể các bước dự kiến triển khai thực hiện. Bên cạnh đó, Tổng cục chưa báo cáo rõ các công việc, nhiệm vụ cần chuẩn bị, kế hoạch triển khai sau khi được cấp có thẩm quyền (Quốc hội hoặc Ủy ban Thường vụ Quốc hội) chấp thuận việc tổ chức thu phí sử dụng đường cao tốc thông qua trạm thu phí trên đường cao tốc do Nhà nước đầu tư theo cả 2 phương án (thu theo pháp luật về giá và thu theo pháp luật về phí), nhất là việc rà soát điều kiện về trang thiết bị, nguồn nhân lực để đảm bảo tính khả thi thực hiện thu.
Bộ Giao thông Vận tải cũng cho biết, hiện nay các tuyến cao tốc Cao Bồ - Mai Sơn, Cam Lộ - La Sơn thuộc dự án đường cao tốc Bắc - Nam phía Đông dự kiến hoàn thành vào năm 2021 và các tuyến cao tốc còn lại thuộc dự án đường cao tốc Bắc - Nam dự kiến hoàn thành trong các năm 2022-2023.
Do đó, để sớm triển khai việc thu phí sử dụng đường cao tốc do Nhà nước đầu tư sau khi được Quốc hội chấp thuận, Bộ Giao thông Vận tải yêu cầu Tổng cục Đường bộ Việt Nam phối hợp với các đơn vị liên quan nghiên cứu Tờ trình số 199/2020/Tr-BTC của Bộ Tài chính và các quy định pháp luật hiện hành để xây dựng Đề án khai thác tài sản kết cấu hạ tầng giao thông đường bộ đối với các tuyến cao tốc thuộc dự án đường cao tốc Bắc - Nam (bao gồm việc triển khai thu phí theo cả 2 phương án: thu theo pháp luật về giá và thu theo pháp luật về phí) theo quy định tại Nghị định số 33/2019/NĐ-CP của Chính phủ quy định việc quản lý, sử dụng và khai thác tài sản kết cấu hạ tầng giao thông đường bộ.
Về phương thức quản lý, khai thác đường cao tốc, Bộ Giao thông Vận tải yêu cầu Tổng cục Đường bộ Việt Nam cần phân tích, đánh giá ưu nhược điểm của từng phương án, trên cơ sở đó nêu rõ lý do lựa chọn đề xuất phương án quản lý, khai thác cụ thể đối với từng tuyến cao tốc. Căn cứ phương thức quản lý, khai thác đề xuất trong Đề án, xác định rõ các nhiệm vụ, công việc cần tổ chức thực hiện để triển khai Đề án khai thác và đề xuất kế hoạch triển khai.