Tại giai đoạn 2 vụ án, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã điều tra triệt để, khách quan, làm rõ hành vi, phương thức thủ đoạn, bản chất hành vi phạm tội của các bị can, cũng như các dấu hiệu sai phạm khác có liên quan.
Đến nay, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã hoàn thành việc điều tra vụ án, làm rõ hành vi phạm tội; đủ căn cứ kết luận và đề nghị truy tố 17 bị can về 4 tội danh gồm: Nhận hối lộ; đưa hối lộ; lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ và che giấu tội phạm.