Theo kết luận điều tra, đây là vụ án tham nhũng, chức vụ có tính chất đặc biệt nghiêm trọng, phức tạp; hành vi của các bị can đã xâm phạm đến hoạt động đúng đắn của cơ quan Nhà nước đối với việc bảo hộ công dân Việt Nam ở nước ngoài nói chung và trong hoàn cảnh đặc biệt người dân bị mắc kẹt trong đại dịch COVID-19 cần đến sự hỗ trợ của cơ quan chức năng nói riêng; xâm phạm hoạt động đúng đắn của các cơ quan tư pháp, che giấu hành vi phạm tội, gây cản trở quá trình điều tra; làm mất lòng tin của quần chúng nhân dân vào sự lãnh đạo của Đảng, cơ quan quản lý Nhà nước, sự điều hành của Chính phủ. Do đó, cần phải đưa ra truy tố, xét xử nghiêm minh trước pháp luật.
Tại giai đoạn 2 vụ án, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã điều tra triệt để, khách quan, làm rõ hành vi, phương thức thủ đoạn, bản chất hành vi phạm tội của các bị can, cũng như các dấu hiệu sai phạm khác có liên quan. Đến nay, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã hoàn thành việc điều tra vụ án, làm rõ hành vi phạm tội; đủ căn cứ kết luận và đề nghị truy tố 17 bị can về 4 tội danh gồm: Nhận hối lộ; đưa hối lộ; lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ và che giấu tội phạm.
Trong đó bị can Trần Tùng (nguyên Phó giám đốc Sở Ngoại vụ tỉnh Thái Nguyên) bị đề nghị truy tố về hai tội danh gồm “Nhận hối lộ” và “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
5 bị can bị đề nghị truy tố về hành vi “Nhận hối lộ” gồm: Trần Thị Quyên (Giám đốc Công ty Sen vàng Đất Việt); Lê Thị Phượng (nguyên chuyên viên Phòng khoa giáo Văn xã, Văn phòng UBND tỉnh Hải Dương); Nguyễn Văn Văn (nguyên Phó giám đốc Sở Y tế tỉnh Quảng Nam); Lê Ngọc Tường (nguyên Phó giám đốc Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Quảng Nam); Nguyễn Mạnh Trường (nguyên chuyên viên Phòng vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải).
10 bị can bị đề nghị truy tố về hành vi “Đưa hối lộ” gồm: Vũ Hồng Quang (nguyên Phó trưởng phòng Phòng vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải); Trần Thanh Nhã (trú tại TP Hồ Chí Minh); Vũ Hoàng Dũng (trú tại Hà Nội); Nguyễn Mạnh Cương (Trưởng phòng thương mại điện tử một hãng hàng không); Đặng Nhật Đức (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Top Agent Japan);
Bùi Đăng Khoa (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Du ngoạn thế giới); Trương Thị Mỹ Dung (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thương mại Dịch vụ Du lịch Ánh Sao Thiên); Phạm Quốc Thắng (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn PNR); Trần Thị Ngân (Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại và Dịch vụ Anna Travel) và Trần Minh Phụng (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại Dịch vụ du lịch và Xây dựng Gia Huy).
Căn cứ vào các tài liệu thu thập được, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã đề nghị truy tố bị can Nguyễn Xuân Thông (trú tại Hà Nội) về hành vi “Che giấu tội phạm”.
Theo kết luận điều tra, Trần Tùng (nguyên Phó giám đốc Sở Ngoại vụ tỉnh Thái Nguyên) đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao trong việc tham mưu, đề xuất UBND tỉnh Thái Nguyên chấp thuận chủ trương cách ly tại tỉnh Thái Nguyên, được sự giúp sức của Trần Thị Quyên (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại và Dịch vụ Sen vàng Đất Việt), Trần Tùng đã có hành vi nhận hối lộ, lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ để trục lợi cá nhân.
Đối với các bị can tại Quảng Nam, theo kết luận điều tra cho biết, với vai trò là Phó giám đốc Sở Y tế tỉnh Quảng Nam, Nguyễn Văn Văn đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn, nhiệm vụ được giao, nhận hối lộ 450 triệu đồng để thực hiện theo đề nghị của Nguyễn Thị Thanh Hằng (Phó giám đốc Công ty Bluesky) trong việc tham mưu, đề xuất UBND tỉnh Quảng Nam ban hành chủ trương chấp thuận tiếp nhận công dân về cách ly y tế tại Quảng Nam cho Công ty Blue Sky của Nguyễn Thị Thanh Hằng.
Theo kết luận điều tra, bị can Lê Ngọc Tường (nguyên Phó giám đốc Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Quảng Nam) đã 4 lần nhận hối lộ, tổng cộng 400 triệu đồng để tham mưu, đề xuất UBND tỉnh Quảng Nam chấp thuận chủ trương cách ly y tế cho các chuyến bay của Nguyễn Thị Thanh Hằng.
Cũng theo kết luận điều tra, Vũ Hồng Quang (nguyên Phó trưởng phòng Phòng vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải) có nhiệm vụ tiếp nhận, xem xét ra Quyết định cấp phép bay cho các hãng hàng không thực hiện các chuyến bay "Combo" do doanh nghiệp tổ chức sau khi có sự phê duyệt của Văn phòng Chính phủ và Tổ công tác 4 Bộ/5 Bộ.
Trong quá trình các doanh nghiệp triển khai thực hiện chuyến bay "Combo" đưa công dân về nước, có một số chuyến bay doanh nghiệp không thuê được tàu bay cỡ lớn để chở hết số lượng khách được duyệt nên phải thuê hai tàu nhỏ dẫn đến phát sinh chi phí, trong khi vẫn còn ghế trống khách.
Để có thêm lợi nhuận, Nguyễn Thị Thanh Hằng (Phó Giám đốc Công ty Bluesky) và Nguyễn Tiến Mạnh (Phó Giám đốc Công ty Lữ hành Việt) đã trao đổi, thỏa thuận và được Vũ Hồng Quang đồng ý cấp phép bay theo số lượng khách vượt so với văn bản đã được duyệt với chi phí 2 triệu đồng/1 khách. Vũ Hồng Quang đã có hành vi đưa hối lộ hơn 7,4 tỷ đồng để tác động, nhờ Phạm Trung Kiên giúp có được văn bản của Ban Chỉ đạo chấp thuận cho 624 công dân được về nước trên các chuyến bay đơn lẻ, hưởng lợi số tiền hơn 19,9 tỷ đồng.