Hội Khán hoa mẫu đơn được tổ chức từ ngày 4 - 5 tháng Giêng, trong đó ngày mùng 4 là chính hội nhưng ngay từ những ngày mùng 1 Tết, đã thu hút đông đảo du khách đến chùa thắp hương, lễ phật.
Lễ hội Phật Tích gồm có phần lễ và phần hội. Trong đó, phần lễ gồm hoạt động dâng hương tại những nơi thờ tự, tín ngưỡng, tổ chức Pháp hội đại bi cầu Quốc thái dân an, cầu bình an cho nhân dân, phật tử vào tối mùng 5. Phần hội gồm các hoạt động biểu diễn văn hóa, văn nghệ, các trò chơi dân gian tại trung tâm lễ hội.
Lễ hội Khán hoa mẫu đơn là một trong những lễ hội diễn ra với quy mô lớn, sớm nhất tỉnh Bắc Ninh. Việc tổ chức lễ hội nhằm tạo không khí thi đua sôi nổi trong nhân dân, khơi dậy lòng tự hào của nhân dân địa phương về di sản văn hóa; đồng thời cổ vũ động viên nhân dân thi đua yêu nước, hoàn thành mục tiêu phát triển kinh tế, xã hội.
Để đảm bảo an ninh trật tự cho lễ hội, huyện Tiên Du đã tăng cường khoảng 100 cán bộ, chiến sĩ công an tỉnh, huyện, trên 40 công an xã, dân quân tư vệ, thành lập 6 tổ chốt phân luồng giao thông từ Quốc lộ 38, bố trí lực lượng an ninh từ cổng chùa lên đỉnh núi theo cả chiều lên và xuống. Bên cạnh đó, có hàng trăm tăng ni phật tử tham gia bảo vệ, hướng dẫn du khách trong khu vực diễn ra lễ hội.
Công tác vệ sinh môi trường được chú trọng. Bên cạnh tuyên truyền mọi người giữ gìn vệ sinh chung trên loa truyền thanh, Ban chỉ đạo lễ hội bố trí 500 bao tải, phân phát cho các hộ kinh doanh và đề nghị các hộ ký cam kết không được xả rác ra môi trường. Trong không gian lễ hội được đặt hàng chục thùng rác di động phục vụ du khách.
Lực lượng quản lý thị trường, vệ sinh an toàn thực phẩm thường xuyên mở các đợt thanh, kiểm tra đột xuất nhằm kiểm soát giá cả, an toàn thực phẩm tại lễ hội. Với mỗi hộ kinh doanh thực phẩm, Ban tổ chức đều ký cam kết về vệ sinh an toàn thực phẩm.
Theo ghi nhận, mùa lễ hội năm 2019, thời tiết nắng, ấm, du khách đến đông hơn, chật cứng các khu vực lối vào, trước cổng Tam quan, Tam bảo, lối lên đại phật tượng, tháp chuông, an ninh vẫn được bảo đảm. Các tệ nạn như ăn xin, ăn mày, đổi tiền lẻ, bói toán… cũng giảm hơn mọi năm.
Trong không gian lễ hội, Ban tổ chức nghiêm cấm các hình thức hát quan họ ngửa nón nhận tiền, hát nhạc mới dưới mọi hình thức, hát văn, nhảy đồng; các trò chơi điện tử xiếc, mô tô bay, các trò chơi dùng loa nén, loa máy công suất lớn gây ảnh hưởng không gian lễ hội; nghiêm cấm việc bán hàng, kinh doanh trên sân chùa, sau khu vực cổng Tam quan, dọc đường bậc thang từ sau chùa lên núi Phật Tích.
Hội Phật Tích đã tồn tại và phát triển hàng nghìn năm, gắn liền với ngôi chùa Phật Tích có bề dày lịch sử và chiều sâu tâm linh, nơi khởi nguồn của Phật giáo Việt Nam là câu chuyện tình cảm động Từ Thức gặp tiên.
Theo huyền thoại: Xưa kia, vùng núi Phật Tích và vườn chùa Phật Tích trồng nhiều hoa mẫu đơn. Hàng năm, mỗi khi xuân về hoa mẫu đơn nở đỏ rực cả một góc trời. Khắp nơi, người người đổ về đây trảy hội ngắm hoa vãn cảnh chùa.
Trên trời, nàng tiên Giáng Hương thấy cảnh trần gian tuyệt đẹp, đã xin giáng trần dự hội chùa. Nhưng vô tình nàng đánh gãy một cành hoa mẫu đơn giữa cửa chùa, nên bị chú tiểu giữ lại. Chàng Từ Thức bèn cởi áo khoác xin chuộc tội cho nàng.
Cảm động với nghĩa cử cao đẹp của chàng trai hào hoa phong nhã, nàng Giáng Hương đã ngỏ lời hò hẹn với chàng và đã mời chàng về chốn “bồng lai” xin kết duyên vợ chồng.
Từ đó câu chuyện tình thơ mộng “Từ Thức gặp tiên” đã sống mãi với lễ hội Khán hoa mẫu đơn của chùa Phật Tích.
Chùa Phật Tích là nơi các nhà sư từ Ấn Độ đặt bước chân đầu tiên đến truyền dạy đạo phật vào nước ta. Đến thời Lý, chùa Phật Tích được xây dựng thành đại danh lam thắng cảnh và tiếp tục được trùng tu tôn tạo phục vụ các vua đến tham quan, ngắm cảnh. Tuy nhiên, đến thời kỳ kháng chiến chống Pháp, giặc pháp chiếm đóng và phá hủy hoàn toàn, chỉ còn lại một số di vật, cổ vật có giá trị như bia đá, vườn tháp, hàng linh thú đá, tượng Phật A di đà bằng đá từ thời Lý, được Nhà nước công nhận là bảo vật quốc gia năm 2012.
Năm 1962, chùa Phật Tích được Nhà nước xếp hạng là Di tích lịch sử cấp quốc gia. Đến ngày 31/12/2014, chùa được Thủ tướng Chính phủ công nhận là Di tích quốc gia đặc biệt. Hiện nay, ngôi chùa còn lưu giữ 2 nhóm bảo vật quốc gia gồm hàng linh thú đá, tượng Phật A di đà bằng đá.