Theo kế hoạch này, tỉnh Khánh Hòa đưa ra 16 nhiệm vụ, giải pháp cụ thể, trong đó nhiều giải pháp đáng chú ý như: Nâng cao nhận thức, tạo sự thay đổi hành vi của cá nhân và cộng đồng, doanh nghiệp, du khách, các thành phần xã hội khác có liên quan để ứng xử thân thiện với môi trường vịnh Nha Trang; tạm dừng hoạt động du lịch lặn biển ở các địa điểm rạn san hô bị suy thoái ở Hòn Mun và các địa điểm khác; nghiêm cấm các hoạt động xâm hại đến môi trường sống và rạn san hô ở khu vực biển Hòn Mun, ở các vùng lõi khác trong vịnh Nha Trang. Tỉnh tạm thời giữ nguyên diện tích và tăng cường kiểm soát hoạt động nuôi trồng thủy sản hiện có trên vịnh Nha Trang; di chuyển hoạt động lưới đăng ra khỏi khu vực bảo vệ nghiêm ngặt tại phía Nam Hòn Mun. Khánh Hòa tăng cường công tác tuần tra, bảo vệ nghiêm ngặt khu vực bảo tồn Hòn Mun, kịp thời phát hiện và xử lý các hành vi vi phạm pháp luật, hủy hoại môi trường tại khu vực vịnh Nha Trang.
Đối với phục hồi san hô tại khu vực Hòn Mun và vịnh Nha Trang, tỉnh sẽ tiến hành làm sạch môi trường khu vực biển Hòn Mun, loại bỏ rác thải nhựa trong rạn san hô, sắp xếp các cành vụn gãy để san hô có cơ hội tự phục hồi. Khánh Hòa khảo sát, đánh giá nhanh rạn san hô tại các địa điểm du lịch lặn biển quanh Hòn Mun, các vùng lõi khác trong vịnh để xác định mức độ, nguyên nhân suy thoái; thực hiện giải pháp kỹ thuật phục hồi phù hợp đối với rạn san hộ khu vực biển Hòn Mun và vịnh Nha Trang…
Để thực hiện việc này, UBND tỉnh giao UBND thành phố Nha Trang, Ban Quản lý vịnh Nha Trang chủ trì; Sở Khoa học và Công nghệ tỉnh mời Trung tâm Nhiệt đới Việt - Nga (Chi nhánh Nha Trang), Viện Hải dương học phối hợp phục hồi rạn san hô; mời Viện Khoa học và Công nghệ khai thác thủy sản thuộc Trường Đại học Nha Trang thử nghiệm phục hồi san hô bằng công nghệ “Đá sinh học” (Biorock) tại vịnh Nha Trang.
Cũng trong kế hoạch này, tỉnh sẽ khảo sát, phân vùng chức năng khu bảo tồn biển vịnh Nha Trang, hỗ trợ phục hồi, bảo tồn rùa biển trong khu bảo tồn biển vịnh và vùng biển lân cận. Cùng với đó tạo sinh kế bền vững của cộng đồng gắn với bảo tồn rạn san hô khu vực Hòn Mun, vịnh Nha Trang bằng cách củng cố tổ chức và đào tạo nâng cao năng lực quản lý, bảo vệ, khai thác hợp lý hệ sinh thái rạn san hô cho các tổ chức cộng đồng dân cư tại vịnh Nha Trang. Tỉnh xây dựng các cách thức phân nhiệm quản lý, giám sát, bảo vệ rạn san hô cho cộng đồng tại tổ dân phố Bích Đầm (phường Vĩnh Nguyên); xây dựng mối liên kết hỗ trợ lẫn nhau giữa các tổ chức công đồng trong, ngoài tổ dân phố Bích Đầm trong hoạt động đồng quản lý, bảo vệ rạn san hô vịnh Nha Trang. Địa phương huy động sự đóng góp của cộng đồng và các bên liên quan góp phần tạo nguồn tài chính bền vững cho hoạt động quản lý, bảo vệ rạn san hô của cộng đồng tổ dân phố Bích Đầm và thử nghiệm mô hình phát triển du lịch sinh thái cộng đồng đảo xanh, sạch, văn minh, góp phần từng bước chuyển nghề cho ngư dân ở tổ dân phố Bích Đầm.
Ngoài ra, Khánh Hòa còn thực hiện các giải pháp như rà soát, khoanh vùng bảo vệ các khu vực biển ở Hòn Mun, Hòn Chồng - Vĩnh Hòa và Vĩnh Hải có san hô đang phục hồi, có bãi giống và bãi đẻ của thủy sản; nâng cao năng lực cho Ban Quản lý vịnh Nha Trang và Đội Công tác liên ngành trên vịnh. Tỉnh kiểm soát các nguồn xả thải vào vịnh Nha Trang; hoàn thiện hệ thống cơ chế, chính sách về quản lý nhà nước đối với các hoạt động trong vịnh; quản lý và giảm thiểu rác thải nhựa trong khu bảo tồn biển hướng tới phát triển kinh tế biển xanh tại vịnh. Khánh Hòa thiết lập và thử nghiệm phương thức quản trị công ty khu vực sinh thái biển quốc tế trong vịnh; thực thi phương thức phối hợp liên ngành trong quản lý, tạo nguồn tài chính bền vững cho hoạt động quản lý vịnh Nha Trang.
Vịnh Nha Trang có diện tích trên 500 km2 với 19 đảo nằm trong vịnh. Nơi đây có các hệ sinh thái tiêu biểu như: rừng ngập mặn, rạn san hô, thảm cỏ biển... Vịnh Nha Trang là thành viên của Câu lạc bộ các vịnh đẹp nhất thế giới từ tháng 6/2003; được công nhận là di tích thắng cảnh cấp quốc gia vào năm 2005. Gần đây, Ban quản lý vịnh Nha Trang và các cơ quan chức năng đã phát hiện tình trạng suy thoái hệ sinh thái tại Hòn Mun - vốn là vùng lõi của vịnh. Việc suy giảm này được đánh giá phần lớn là do quá trình chịu tác động tích lũy từ nhiều năm, gồm cả nguyên nhân khách quan lẫn chủ quan. Trong đó, nguyên nhân khách quan dẫn đến việc suy giảm rạn san hô ở Hòn Mun là do tác động của biến đổi khí hậu, ảnh hưởng của cơn bão Damrey năm 2017 và bão số 9 năm 2021; không có hiện tượng axít hóa đại dương.