Theo đó, Văn phòng Thường trực có nhiệm vụ tham mưu, giúp việc Trưởng Ban Chỉ đạo 389 Quốc gia và các Phó Trưởng Ban Chỉ đạo công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả; thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn của Ban Chỉ đạo 389 Quốc gia được quy định tại Quyết định 389/QĐ-TTg ngày 19/3/2014 và Quyết định số 09/QĐ-TTg ngày 6/1/2017 của Thủ tướng Chính phủ.
Văn phòng Thường trực Ban Chỉ đạo 389 phối hợp với các Bộ, ngành, cơ quan chức năng trong việc xây dựng, ban hành, rà soát, kiến nghị, sửa đổi, bổ sung cơ chế chính sách pháp luật, Nghị quyết, Chỉ thị, các văn bản chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và Trưởng Ban Chỉ đạo 389 Quốc gia về công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại hàng giả.
Văn phòng Thường trực tham mưu cho Trưởng Ban Chỉ đạo 389 quốc gia, Phó Trưởng Ban Chỉ đạo điều hành công tác phối hợp giữa bộ, ngành, địa phương, cơ quan, lực lượng chức năng trong công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả; Yêu cầu các cơ quan, đơn vị chức năng cung cấp thông tin, tài liệu báo cáo về tình hình, kết quả đấu tranh chống buôn lậu, gian lận thương mại hàng giả, vụ việc vi phạm nghiêm trọng, phức tạp để báo cáo lãnh đạo Ban Chỉ đạo 389 Quốc gia; Đề xuất Trưởng Ban thành lập các đoàn kiểm tra liên ngành của Ban Chỉ đạo 389 Quốc gia.
Văn phòng Thường trực Ban Chỉ đạo 389 hướng dẫn, kiểm tra, đôn đốc Cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo 389 ở các Bộ, ngành, địa phương, cơ quan, lực lượng chức năng trong việc thực hiện chỉ đạo, chương trình, kế hoạch công tác của Ban Chỉ đạo 389 Quốc gia; hướng dẫn thực hiện chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về lĩnh vực chống buôn lậu, gian lận thương mại, hàng giả; đánh giá tình hình và kết quả công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại, hàng giả; chủ động nắm tình hình, nhận diện hiện tượng, vấn đề nổi cộm, phức tạp về buôn lậu, gian lận thương mại, hàng giả, xây dựng kế hoạch chuyên đề để giải quyết.
Văn phòng Thường trực có Chánh Văn phòng, các Phó Chánh Văn phòng, chuyên viên làm việc theo chế độ chuyên trách.