Theo đại biểu, việc tích hợp này sẽ khắc phục được những bất cập, chồng chéo, giảm phiền hà cho doanh nghiệp vì việc cấp giấy phép xả nước thải (gồm: xả nước thải vào nguồn nước và xả nước thải vào công trình thủy lợi) trong giai đoạn vừa qua thực chất là thừa, không cần thiết. Bởi, khi doanh nghiệp đi vào hoạt động đã được cơ quan quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường cấp giấy xác nhận, giấy phép về môi trường là công trình xử lý nước thải đó đã đáp ứng yêu cầu. Hiện nay, một đối tượng xả nước thải ra môi trường của doanh nghiệp đang chịu ít nhất 2 thủ tục hành chính khác nhau, hầu hết sẽ do 2 cơ quan hoặc ngành quản lý khác nhau. Bên cạnh đó, mặc dù căn cứ cấp các loại giấy phép, giấy xác nhận nêu trên là giống nhau, nhưng thực tế đã có nhiều trường hợp các yêu cầu bảo vệ môi trường tại các giấy phép này lại chưa đồng bộ, làm doanh nghiệp lúng túng khi thực hiện.
Luật Thủy lợi quy định quy hoạch thủy lợi chỉ là quy hoạch có tính chất kỹ thuật chuyên ngành (để cụ thể hóa quy hoạch cấp quốc gia, quy hoạch vùng), trong khi quy hoạch tài nguyên nước là quy hoạch ngành quốc gia. Nếu tiếp tục quy định có nhiều cơ quan cấp phép liên quan đến hoạt động xả thải như hiện nay sẽ không đảm bảo nguyên tắc quản lý tổng hợp về tài nguyên nước.
Việc tiếp tục giao cơ quan quản lý công trình thủy lợi cấp giấy phép xả nước thải vào công trình thủy lợi là phân tán đối tượng cũng như chức năng quản lý nhà nước và không đồng bộ, xuyên suốt các công cụ quản lý. Cụ thể, cơ quan quản lý công trình thủy lợi không phải là cơ quan thẩm định, phê duyệt hoặc xác nhận các hồ sơ, thủ tục hành chính về môi trường của doanh nghiệp nên rất thiếu thông tin về thời điểm doanh nghiệp đi vào hoạt động và xả nước thải vào công trình thủy lợi do mình quản lý. Bên cạnh đó, pháp luật quy định các cơ sở có nguồn thải lớn phải lắp đặt hệ thống quan trắc nước thải tự động, liên tục và truyền dữ liệu về Sở Tài nguyên và Môi trường địa phương để theo dõi, giám sát chứ không truyền về cơ quan quản lý công trình thủy lợi. Ngoài ra, cơ quan quản lý công trình thủy lợi không có chức năng thanh tra, kiểm tra chuyên ngành về môi trường nên việc phát hiện và xử phạt vi phạm xả nước thải vượt quy chuẩn Việt Nam đối với doanh nghiệp là không đảm bảo.
Ngược lại, việc tích hợp giấy phép xả nước thải vào công trình thủy lợi vào giấy phép môi trường không dẫn đến khó khăn cho cơ quan quản lý công trình thủy lợi trong việc quản lý chất lượng, số lượng nước trong công trình cũng như thực hiện chính sách thu phí, dịch vụ thủy lợi.
Dù khoản 2, Điều 46, Luật Thủy lợi có giao tổ chức, cá nhân cung cấp sản phẩm, dịch vụ thủy lợi trực tiếp bảo vệ chất lượng nước trong công trình thủ lợi, kiểm soát việc xả thải vào công trình thủy lợi, nhưng rất khó thực thi vì hầu hết các tổ chức này là doanh nghiệp thủy lợi, tổ chức thủy lợi cơ sở hoặc cá nhân không được giao thẩm quyền lập biên bản vi phạm hành chính, xử phạt vi phạm hành chính, không có số liệu quan trắc tự động của doanh nghiệp truyền về, nên hoàn toàn không có công cụ kiểm soát hoạt động xả thải.
Bên cạnh đó, phương thức định giá sản phẩm, dịch vụ thủy lợi theo Điều 6, 7 Nghị định 96/2018/NĐ-CP ngày 30/6/2018 của Chính phủ là hoàn toàn dựa trên chi phí nhân công, khấu hao tài sản, chi phí vận hành, lợi nhuận… của tổ chức cung cấp sản phẩm, dịch vụ mà không tính theo chất lượng sản phẩm, dịch vụ.