Mục đích của Kế hoạch nhằm thực hiện đầy đủ, toàn diện các quy định của Công ước quốc tế về kiểm soát, quản lý nước dằn và cặn nước dằn của tàu năm 2004 (Công ước BWM 2004); tăng cường công tác bảo vệ môi trường trong hoạt động hàng hải, nâng cao hiệu quả quản lý nước dằn và cặn nước dằn của tàu biển tại cảng biển và vùng biển Việt Nam. Việc thực hiện Công ước quốc tế về kiểm soát, quản lý nước dằn và cặn nước dằn của tàu năm 2004 phải bảo đảm hài hòa và thống nhất với quy định của các điều ước quốc tế khác mà Việt Nam là thành viên.
Một trong những nhiệm vụ Kế hoạch đặt ra là tham gia, phối hợp với các nước thành viên công ước trong việc thực hiện các hoạt động kiểm soát, ngăn chặn ô nhiễm biển, sự phá hủy hệ sinh thái bản địa bởi các sinh vật ngoại lai được vận chuyển thông qua nước dằn tàu. Thực hiện kiểm tra nhà nước cảng biển đối với các tàu nước ngoài đến cảng của Việt Nam, bao gồm cả việc thực hiện đo đạc, lấy mẫu, đánh giá nước dằn của tàu phục vụ cho hoạt động thanh tra, kiểm tra nhà nước cảng biển (nếu có).
Điều tra, phát hiện và xử lý vi phạm đối với các tàu mang cờ quốc tịch Việt Nam, các tổ chức, cá nhân có liên quan; các tàu nước ngoài hoạt động trong vùng biển của Việt Nam không tuân thủ các quy định của Công ước BWM 2004 (bao gồm vùng nước cảng biển, lãnh hải và vùng đặc quyền kinh tế). Xúc tiến hợp tác kỹ thuật với các quốc gia thành viên để thực hiện trao đổi kinh nghiệm, đào tạo Sỹ quan nhà nước cảng biển, cán bộ kỹ thuật, trao đổi thông tin, chuyển giao công nghệ, khuyến khích việc nghiên cứu khoa học về quản lý nước dằn tàu.
Tuyên truyền, phổ biến các nội dung của Công ước BWM 2004 tới các cơ quan quản lý, doanh nghiệp vận tải biển, cảng biển, cơ sở đóng mới và sửa chữa tàu biển và các tổ chức cá nhân có liên quan. Đào tạo, tập huấn kiến thức các nội dung của Công ước BWM 2004 cho các sỹ quan kiểm tra tàu biển, đăng kiểm viên và cho cơ quan, tổ chức có liên quan hoạt động trong lĩnh vực hàng hải. Khuyến khích, thúc đẩy và tạo điều kiện cho các tổ chức cá nhân trong nước và quốc tế tham gia nghiên cứu khoa học, phát triển hệ thống quản lý, xử lý nước dằn tàu...
Trong phạm vi chức năng nhiệm vụ của mình, các bộ, ngành, địa phương và các cơ quan hữu quan bổ sung nhiệm vụ thực thi các Công ước BWM 2004 vào chương trình, kế hoạch công tác của mình và chủ động thực hiện các nhiệm vụ cần thiết khác nhằm thực thi đầy đủ các quy định của Công ước.