Theo nguyên tắc bốc thăm, BTC tiến hành phân nhóm cho 10 đội tham dự dựa vào thành tích của các đội trong 2 kỳ SEA Games gần nhất (năm 2017 và 2019).
Việt Nam (2019) và Thái Lan (2017) nằm ở nhóm 1 (mỗi đội một lần giành hạng nhất). Điều này cũng đồng nghĩa, U23 Việt Nam và U23 Thái Lan sẽ không gặp nhau ở vòng bảng.
Nhóm 2 gồm Indonesia và Malaysia (mỗi đội một lần hạng nhì).
Nhóm 3 có Myanmar (hạng ba) và Campuchia (vào bán kết).
Nhóm 4 gồm Philippines và Singapore (mỗi đội 1 lần xếp thứ ba tại vòng bảng).
Nhóm 5 gồm Lào và Timor Leste (đứng thứ tư và thứ năm vòng bảng).
Mỗi nhóm được bốc thăm vào 2 bảng khác nhau (bảng A và B).Với tư cách là chủ nhà nên U23 Việt Nam mang mã số A1, thi đấu trận khai mạc, còn U23 Thái Lan sẽ mang mã số B1.
Môn bóng đá nam sẽ diễn ra từ ngày 6 - 22/5. Bảng đấu của U23 Việt Nam (Bảng A) được tổ chức ở sân Việt Trì (Phú Thọ). Bảng B của U23 Thái Lan sẽ thi đấu ở sân Thiên Trường (Nam Định). Các trận đấu được tổ chức vào 2 khung giờ là 16 giờ (trận 1) và 19 giờ (trận 2).
Tại SEA Games 31, môn bóng đá nữ có 8 đội tham dự.
Cũng giống như nội dung bóng đá nam, nguyên tắc bốc thăm môn bóng đá nữ dựa vào thành tích ở 2 kỳ SEA Games gần nhất để phân nhóm. Theo đó, tuyển nữ Việt Nam (2 lần vô địch) và Thái Lan (2 lần về nhì) đứng ở nhóm số 1. Tuyển nữ Việt Nam sẽ mang mã số A1 để đá trận khai mạc, trong lúc Thái Lan sẽ mang mã B1. Môn bóng đá nữ sẽ diễn ra từ ngày 9 - 21/5. Đến thời điểm này, BTC đã xác định được địa điểm tổ chức bảng A. Theo đó, tuyển nữ Việt Nam sẽ thi đấu ở sân Cẩm Phả (Quảng Ninh). Trong lúc đó, địa điểm tổ chức bảng B sẽ được thông báo trong thời gian tới.
Về thể thức thi đấu, các đội (cả nam lẫn nữ) đều thi đấu theo thể thức vòng tròn một lượt tính điểm. Hai đội nhất nhì mỗi bảng sẽ giành quyền vào vòng đấu loại trực tiếp.
Môn futsal nam và futsal nữ tại SEA Games 31, đều có số lượng 5 đội tham dự, nên BTC không bốc thăm chia bảng mà chỉ bốc thăm mã số cho các đội để xếp lịch thi đấu theo thể thức vòng tròn 1 lượt tính điểm xếp hạng.
Tại môn futsal nam, đội Thái Lan mang mã số 1, đội chủ nhà Việt Nam mang mã số 2 thi đấu trận khai mạc. Các đội khác gồm Malaysia, Indonesia và Myanmar bốc thăm vào các mã số còn lại.
Ở môn futsal nữ, đội bóng sẽ bảo vệ HCV là Thái Lan mang mã số 1, đội chủ nhà Việt Nam mang mã số 2 thi đấu trận khai mạc. Các đội khác gồm Malaysia, Indonesia và Myanmar bốc thăm vào các mã số còn lại.
Môn futsal nam diễn ra từ ngày 11 - 20/5 và môn futsal nữ diễn ra từ ngày 10 - 19/5 tại Nhà thi đấu Hà Nam (tỉnh Hà Nam).
Phân nhóm hạt giống bóng đá nam
Nhóm 1: Việt Nam – Thái Lan.
Nhóm 2: Indonesia – Malaysia.
Nhóm 3: Myanmar – Campuchia.
Nhóm 4: Singapore – Philippines.
Nhóm 5: Lào – Timor Leste.
Phân nhóm hạt giống bóng đá nữ
Nhóm 1: Việt Nam – Thái Lan.
Nhóm 2: Myanmar – Philippines.
Nhóm còn lại: Campuchia, Indonesia, Lào, Singapore.