Đối với học sinh từ 6 tuổi đến dưới 18 tuổi trong các cơ sở giáo dục phổ thông được khám đầy đủ các nội dung chuyên khoa lâm sàng như: Khai thác tiền sử gia đình, tiền sử bản thân (sản khoa, tiêm chủng, bệnh tật, hiện tại đang điều trị bệnh), khám thể lực và các chuyên khoa: Nhi khoa (tuần hoàn, hô hấp, tiêu hóa, thận - tiết niệu, sinh dục, thần kinh, tâm thần, khám lâm sàng khác - cơ xương khớp...), mắt, tai mũi họng, răng hàm mặt. Trong trường hợp có chỉ định khám cận lâm sàng thực hiện chuyển tuyến theo bảo hiểm y tế.
Việc khám bệnh cho trẻ em được tổ chức tại cơ sở khám bệnh, chữa bệnh đủ điều kiện theo quy định hoặc theo hình thức khám bệnh, chữa bệnh lưu động do UBND phường, xã căn cứ vào điều kiện thực tế của địa phương để quyết định. Điểm khám lưu động phải được bố trí hợp lý, thuận tiện cho trẻ em và học sinh, bảo đảm an ninh, đầy đủ nhân lực chuyên môn, thiết bị, vật tư y tế, kiểm soát nhiễm khuẩn và các điều kiện khác.
Đối với học sinh trong các cơ sở giáo dục phổ thông tổ chức kiểm tra sức khỏe đầu năm ưu tiên tổ chức tại cơ sở giáo dục.
Đối với nhóm trẻ em dưới 6 tuổi có thể tổ chức khám sức khỏe kết hợp trong buổi khám tiêm chủng tại Trạm Y tế hoặc khám tại trường mầm non, các nhóm trẻ gia đình do số lượng ít có thể tổ chức khám tập trung.
Trước đó, để chuẩn bị toàn diện cho công tác khám sức khỏe trẻ em, học sinh, Sở Y tế Hà Nội đã xây dựng kế hoạch chi tiết, tổ chức tập huấn chuyên môn, thống nhất quy trình và chuẩn hóa việc nhập dữ liệu cho đội ngũ y, bác sĩ, cán bộ công nghệ thông tin và lực lượng y tế trường học trước khi triển khai.
Lịch các phường, xã tổ chức khám sức khỏe trong 3 ngày 18, 19, 20/8:
Các đơn vị tổ chức khám ngày 18/8: Yên Hòa, Giảng Võ, Ngọc Hà, Kiến Hưng, Hà Đông, Dương Nội, Cửa Nam, Tương Mai, Lĩnh Nam, Vĩnh Hưng, Bồ Đề, Long Biên, Phúc Lợi, Việt Hưng, Phú Diễn, Thượng Cát, Xuân Đỉnh, Tây Mỗ, Khương Đình, Phương Liệt, Đại Thanh, Nam Phù, Ngọc Hồi, Vĩnh Thanh, Gia Lâm, An Khánh, Dương Hòa, Hoài Đức...
Các đơn vị tổ chức khám ngày 19/8: Láng, Cầu Giấy, Yên Hòa, Nghĩa Đô, Giảng Võ, Ngọc Hà, Ba Đình, Kiến Hưng, Hà Đông, Dương Nội, Phú Lương, Phú Thượng, Cừa Nam, Hai Bà Trưng, Tương Mai, Định Công, Hoàng Liệt, Vĩnh Hưng, Bồ Đề, Long Biên, Phúc Lợi, Việt Hưng, Phú Diễn, Tây Tựu, Thượng Cát, Xuân Đỉnh, Tây Mỗ, Thanh Xuân, Khương Đình, Phương Liệt, Đại Thanh, Thanh Liệt, Nam Phù, Ngọc Hồi, Đông Anh, Thiên Lộc, Vĩnh Thanh, Gia Lâm, Thuận An, An Khánh, Dương Hòa, Hoài Đức, Sơn Đồng, Cổ Đô, Bất Bạt, Quảng Oai, Yên Bài, Phú Nghĩa, Hòa Phú, Quảng Bị, Xuân Mai, Chương Mỹ…
Các đơn vị tổ chức khám ngày 20/8: Đống Đa, Kim Liên, Ô Chợ Dừa, Láng, Cầu Giấy, Yên Hòa, Nghĩa Đô, Giảng Võ, Ngọc Hà, Yên Nghĩa, Phúc Thịnh, Phù Đổng, Trần Phú, Hương Sơn, Mê Linh, Tiến Thắng, Hương Sơn, Mỹ Đức, Phúc Sơn, Trung Giã, Nội Bài, Đoài Phương, Hạ Bằng, Chương Dương, Hòa Xá, Ứng Hòa, Ứng Thiên…