Sở Giao thông Vận tải Hà Nội đã chính thức thông báo tới Sở Giao thông Vận tải 20 tỉnh, thành phố liên quan, các doanh nghiệp quản lý bến xe và doanh nghiệp kinh doanh vận tải khách liên tỉnh về việc sắp xếp, điều chuyển một số tuyến vận tải khách liên tỉnh từ bến xe Mỹ Đình về các bến xe khác trên địa bàn thành phố nhằm bảo đảm trật tự an toàn giao thông. Theo đó, trước ngày 5/8, các doanh nghiệp vận tải đăng ký điều chuyển với Sở Giao thông Vận tải.
Các đơn vị quản lý bến xe xây dựng biểu đồ các tuyến hoạt động, báo cáo Sở Giao thông Vận tải Hà Nội trước ngày 10/8, ký kết hợp đồng khai thác với các đơn vị thuộc diện được điều chuyển từ ngày 15/8. Khi thực hiện di chuyển các đơn vị vận tải khỏi bến Mỹ Đình sang hoạt động tại các bến mới sẽ không thu tiền giá dịch vụ xe ra vào bến trong thời gian 6 tháng, kể từ ngày 15/8 và tạo mọi điều kiện cho các doanh nghiệp hoạt động ổn định tại bến mới.
Cụ thể, điều chuyển toàn bộ 52 xe của các đơn vị vận tải đang khai thác tại bến xe Mỹ Đình được hai đầu Sở Giao thông Vận tải chấp thuận sau ngày 14/10/2009 sang bến xe Yên Nghĩa. Chuyển toàn bộ 91 xe tuyến Mỹ Đình đi Hòa Bình và các huyện thuộc tỉnh Hòa Bình về bến xe Yên Nghĩa hoạt động theo đúng hướng tuyến quốc lộ 6. Giảm tần suất từ 20 đến 30% (tương đương 78 xe) các tuyến từ bến xe Mỹ Đình đi các tỉnh Hà Nam, Ninh Bình, Nam Định, Thái Bình, Thanh Hóa, Nghệ An về khai thác tại bến xe Yên Nghĩa. Cắt giảm 70 xe của toàn bộ các tuyến Cao Bằng, Bắc Kạn, Quảng Ninh, Thái Bình, Nam Định, Phú Thọ, Thái Nguyên, Tuyên Quang, Hà Giang, Lai Châu, Sơn La, Điện Biên, Ninh Bình, Thanh Hóa, Lạng Sơn đang hoạt động tại bến xe Mỹ Đình đối với các nốt xe đang hoạt động kém hiệu quả, nếu đơn vị vận tải có nhu cầu tiếp tục hoạt động thì đăng ký với Sở Giao thông Vận tải Hà Nội chuyển về bến xe Yên Nghĩa. Chuyển toàn bộ 61 xe tuyến Thái Nguyên đang hoạt động tại bến xe Mỹ Đình về hoạt động tại bến xe tạm Nam Thăng Long. Các tuyến này thực hiện theo hướng tuyến quốc lộ 3, đường Bắc Thăng Long - Nội Bài về bến xe tạm Nam Thăng Long và ngược lại.