Theo Trung tâm Dự báo khí tượng thủy văn Trung ương, mực nước lúc 21 giờ ngày 16/9 tại một số vị trí như sau: Trên sông Ngàn Sâu tại Chu Lễ: 12,46m, trên báo động 2 là 0,46m; tại Hòa Duyệt: 7,93m, trên báo động 1 là 0,43m. Trên sông Ngàn Phố tại Sơn Diệm: 11,39m, dưới báo động 2 là 0,11m. Trên sông La tại Linh Cảm: 3,07m, dưới báo động 1 là 1,43m.
Dự báo, đêm 16/9, lũ trên sông Ngàn Sâu sẽ đạt đỉnh, đỉnh lũ tại Hòa Duyệt ở mức 8,5m, dưới báo động 2 là 0,5m, sau xuống; các sông ở Thanh Hóa sẽ lên. Hạ lưu sông La (Hà Tĩnh) và sông Cả tiếp tục lên, đến sáng 17/9, tại Linh Cảm lên mức: 4,50m, ở mức báo động 1. Các sông ở Thanh Hóa, Nghệ An còn ở dưới báo động 1.
Đề phòng nguy cơ xảy ra lũ quét, sạt lở đất ở các huyện Lang Chánh, Thường Xuân, Quan Hóa, Mường Lát, Như Xuân, Như Thành, Quan Sơn, Bá Thước, Cẩm Thủy, Thạch Thành (Thanh Hóa); Tương Dương, Kỳ Sơn, Quế Phong, Quỳ Châu, Con Cuông, Anh Sơn, Quỳ Hợp, Đô Lương, Thanh Chương (Nghệ An), Hương Sơn, Vũ Quang, Hương Khê (Hà Tĩnh) và ngập lụt ven sông, ngập úng ở vùng trũng tại các tỉnh trên. Cảnh báo cấp độ rủi ro thiên tai ở cấp 2.