Khu vực vịnh Xuân Đài (thị xã Sông Cầu) là nơi tập trung hơn 1.800 bè nuôi trồng thủy sản, mỗi bè có từ 3 đến 5 người canh giữ lồng nuôi. Kiểm tra tại khu vực này, Bí thư Tỉnh ủy, Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên Phạm Đại Dương yêu cầu các lực lượng chức năng như: Bộ đội Biên phòng, Kiểm ngư, chính quyền các địa phương có vùng nuôi trồng thủy sản... tích cực đi kiểm tra và vận động người dân sớm vào bờ; nếu có người cố tình ở lại trên bè, phải thực hiện cưỡng chế. Việc di dời người trên lồng bè vào đất liền phải xong trước 18 giờ ngày 27/10. Bên cạnh đó, các hộ nuôi trồng thủy sản phải chủ động chằng chống, bảo đảm an toàn cho lồng nuôi, tránh thiệt hại do bão.
Hiện nay, các cơ quan chức năng tỉnh Phú Yên liên tục thông báo cho ngư dân hoạt động trên biển biết đường đi của bão và tránh trú bão. Theo thống kê của Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh Phú Yên, hiện có 227 tàu cá/1.322 lao động đang hoạt động trên các vùng biển; cụ thể: hoạt động xa bờ có 163 tàu cá/962 lao động, hoạt động gần bờ và đi về trong ngày có 124 tàu cá/570 lao động. Tất cả các tàu cá này đều đã nhận được thông tin về diễn biến của bão số 9 và chủ động di chuyển ra khỏi khu vực nguy hiểm; thường xuyên liên lạc với gia đình và với lực lượng Bộ đội Biên phòng.
Do ảnh hưởng của bão số 9, địa bàn tỉnh Phú Yên được cảnh báo có mưa lớn, lượng mưa từ 100 mm đến 250 mm, nguy cơ cao xảy ra lũ cho hạ du và sạt lở đất. Qua kiểm tra thực tế tại các vùng xung yếu, ông Trần Hữu Thế - Phó Bí thư Tỉnh ủy, Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên cho biết, hiện nay các hồ chứa thủy lợi và thủy điện trên địa bàn tỉnh đều an toàn. Các hồ thủy lợi đã cho xả nước để đón lũ, nhằm hạn chế gây ngập úng cho vùng hạ du. Chính quyền các địa phương khu vực miền núi như: Đồng Xuân, Sơn Hòa, Sông Hinh đã sẵn sàng theo phương án "4 tại chỗ" ứng phó với sạt lở đất. Các điểm xung yếu đã được đánh dấu và cảnh báo đến người dân…
Bão số 9 được cảnh báo có cường độ và phạm vi ảnh hưởng rộng như bão Damrey (đã từng ảnh hưởng trực tiếp đến tỉnh Phú Yên năm 2017). Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên đã ban hành Chỉ thị yêu cầu tất cả các cơ quan, đơn vị tập trung thực hiện các biện pháp phòng chống bão; tạm dừng tất cả các cuộc hội, họp không cần thiết theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc.