Ban Quản lý Khu du lịch quốc gia Núi Sam, tỉnh An Giang là đơn vị sự nghiệp công lập tự đảm bảo chi thường xuyên, trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh An Giang, giúp Ủy ban nhân dân tỉnh An Giang trực tiếp quản lý Khu du lịch quốc gia Núi Sam; có chức năng phục vụ quản lý Nhà nước và cung cấp dịch vụ sự nghiệp công thuộc lĩnh vực văn hóa, du lịch trong Khu du lịch quốc gia Núi Sam theo Quyết định số 2098/QĐ-TTg ngày 27/12/2017 phê duyệt Quy hoạch tổng thể phát triển Khu du lịch quốc gia Núi Sam, tỉnh An Giang đến năm 2025, tầm nhìn đến năm 2030.
Ban Quản lý Khu du lịch quốc gia Núi Sam, tỉnh An Giang có tư cách pháp nhân, có con dấu, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định của pháp luật.
Thủ tướng Chính phủ giao Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh An Giang quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý Khu du lịch quốc gia Núi Sam, tỉnh An Giang theo quy định của pháp luật.
Ủy ban nhân dân tỉnh An Giang có trách nhiệm rà soát, sắp xếp lại các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc và trực thuộc (trong đó có Ban Quản lý Khu du lịch quốc gia Núi Sam, tỉnh An Giang) theo tinh thần Nghị quyết số 19-NQ/TW ngày 25/10/2017 của Hội nghị lần thứ sáu Ban Chấp hành Trung ương khóa XII về tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức và quản lý, nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập, bảo đảm hoạt động hiệu lực, hiệu quả.