Theo đó, 9 trạm kiểm soát liên hợp này nằm trên địa bàn 5 huyện biên giới gồm: Mường Lát, Quan Hóa, Quan Sơn, Lang Chánh và Thường Xuân. Cụ thể, các trạm tại Bản Poọng (xã Tam Chung), Bờ Nam sông Mã (bản Tén Tằn), Bản Chai (xã Mường Chanh), Bản Pù Ngùa (xã Pù Nhi) của huyện Mường Lát; Bản Cháo (xã Hiền Kiệt) của huyện Quan Hóa; Khu vực mốc quốc giới 331 (xã Na Mèo), Khu vực mốc quốc giới 342 (xã Tam Thanh) của huyện Quan Sơn; Khu vực mốc quốc giới 348 (xã Yên Khương) huyện Lang Chánh và trạm Bản Đục (xã Bát Mọt) của huyện Thường Xuân.
Các trạm có nhiệm vụ kiểm soát liên tục 24/24 giờ tất cả người và phương tiện qua lại khu vực biên giới, không để sót, lọt người nhập cảnh trái phép, trốn cách ly đi vào nội địa, thực hiện phòng, chống dịch COVID-19. Tại mỗi trạm kiểm soát liên hợp sẽ bố trí 6 người gồm Bộ đội Biên phòng, Quân sự, Công an, Y tế, cán bộ địa phương, do một cán bộ Bộ đội Biên phòng phụ trách. Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh Thanh Hóa sẽ chủ trì, phối hợp với các sở, ngành, địa phương tổ chức và duy trì hoạt động của các trạm kiểm soát liên hợp. Các trạm kiểm soát liên hợp sẽ giải thể khi không còn yêu cầu nhiệm vụ.
Để chủ động trong công tác phòng, chống dịch COVID-19, tỉnh Thanh Hóa đã thành lập 99 khu cách ly tập trung, với khả năng tiếp nhận 10.040 người. Ngành Y tế Thanh Hóa đã lấy mẫu và làm xét nghiệm cho 7.683 người với 11.001 lượt xét nghiệm. Tổng số trường hợp trở về từ vùng dịch được cách ly tại nhà tại Thanh Hóa đến nay là 28.245 người, trong đó có 28.169 người đã hoàn thành thời gian cách ly. Tổng số trường hợp phải cách ly tập trung tại các khu cách ly tập trung tuyến tỉnh, tuyến huyện là 6.352 người.
Đến ngày 17/10, còn 77 người đang được cách ly tập trung là các chuyên gia, lao động nước ngoài nhập cảnh vào làm việc và một số người nhập cảnh trái phép. Đến nay, tình hình dịch COVID-19 trên địa bàn tỉnh Thanh Hóa tiếp tục được kiểm soát chặt chẽ, chưa có ca bệnh được phát hiện trong cộng đồng.