Từ 25/12/2023 đến 23/3/2024, trong vòng 88 ngày, cả hệ thống luôn phải trữ nước phục vụ đổ ải và tưới dưỡng nên không có dòng chảy qua hệ thống, không đủ lượng nước pha loãng ô nhiễm đã khiến các kênh trục chính bị ô nhiễm nghiêm trọng.
Cùng đó, khi kết thúc xả hồ (24/2) đến trước khi vận hành trạm bơm (24/3), hệ thống không lấy được nước từ cống Cầu Xe, An Thổ do nhiễm mặn (những năm trước, nước từ khu vực này bổ sung 40 - 50% nguồn cho hệ thống). Tại cống Xuân Quan, nước trong hệ thống luôn cao hơn mực nước sông Hồng nên không lấy được nước. Đặc biệt, hàng ngày, hệ thống Bắc Hưng Hải phải tiếp nhận 502.000m3 nước thải dẫn đến tình trạng ô nhiễm gia tăng đến mức nghiêm trọng.
Cụ thể, nước ở kênh Kim Sơn luôn có màu đen đặc, mùi hôi thối nồng nặc dài khoảng 33 km bắt đầu từ hạ lưu cống Báo Đáp đến khu vực cầu Sặt (thị trấn Kẻ Sặt, huyện Bình Giang); từ cầu Sặt đến ngã ba Kim Sơn nước có màu đen.
Tại kênh Tràng Kỹ, nước từ ngã 3 Phúc Cầu đến cầu Ghẽ có màu đen. Kênh Đình Đào, đoạn từ ngã 3 Kim Sơn đến hạ lưu cống Bá Thủy nước có màu đen, mùi hôi; từ Tràng Thưa đến ngã 3 Cự Lộc nước hơi đen. Nước ở kênh Cái, Lộng Khê - Cầu Xe và Lộng Khê - An Thổ có màu hơi đen. Kênh Tây Kẻ Sặt, nước từ hạ lưu cống Tranh đến trạm bơm chùa Khu có màu đen, hôi thối từ ngày 16/3. Kênh Cửa An, từ ngã 3 Tòng Hóa đến hạ lưu Neo nước có màu đen, mùi hôi từ ngày 16/3...
Để giảm thiểu ô nhiễm, đảm bảo đưa nước phục vụ sản xuất, từ nay đến 30/4, Công ty TNHH Một thành viên Khai thác công trình thủy lợi Bắc Hưng Hải sẽ tập trung vận hành để pha loãng nước ở từng tuyến kênh; trong đó, ưu tiên pha loãng nước ở tuyến kênh Kim Sơn và kênh Đĩnh Đào; đồng thời vẫn mở cống Xuân Thụy hàng ngày để tránh xả cùng lúc lượng lớn nước ô nhiễm vào kênh Kim Sơn. Công ty cũng điều hành các cống Báo Đáp, Kênh Cầu, Lực Điền, Tranh, Bá Thủy, Cầu Xe, An Thổ để phân vùng ô nhiễm, giữ nước theo quy trình.
Từ 24/3, Công ty Bắc Hưng Hải đã đưa vào vận hành trạm bơm dã chiến Xuân Quan thuộc dự án sửa chữa, nâng cấp hệ thống Bắc Hưng Hải giai đoạn 2. Trạm bơm Xuân Quan đi vào hoạt động đã kịp thời bổ sung nguồn nước tưới cho khu vực Hưng Yên, không phải sử dụng nước đen bơm lên kênh trục nội đồng.
Theo lãnh đạo Công ty Bắc Hưng Hải, sau khi trạm bơm Xuân Quan hoạt động liên tục, đến 4/4, nước trên kênh Kim Sơn, Đĩnh Đào sẽ được pha loãng, đạt yêu cầu để bơm tưới. Tiếp đó, công ty sẽ vận hành các công trình để cải thiện ô nhiễm trên các tuyến kênh Điện Biên, Tây Kẻ Sặt và dự kiến đến 15/4, nước sẽ cải thiện. Sau 15/4, Công ty Bắc Hưng Hải tiếp tục vận hành các công trình để cải thiện ô nhiễm trên kênh Cửu An và dự kiến 30/4 sẽ cải thiện được nước đạt yêu cầu phục vụ sản xuất.
Sau ngày 30/4, khi ô nhiễm trong hệ thống được cải thiện, Công ty Bắc Hưng Hải sẽ vận hành trạm bơm thực tế thời tiết và mực nước sông Hồng; đồng thời, linh hoạt vận hành các cống Tranh, Lực Điền, Bá Thủy và Neo để phân vùng, không xảy ra ô nhiễm nghiêm trọng. Công ty cũng sẽ tận dụng thủy triều, theo dõi độ mặn để lấy nước ngược tối đa từ sông Luộc, sông Thái Bình qua cống Cầu Xe và An Thổ bổ sung nguồn cho hệ thống.
Để đảm bảo phục vụ sản xuất của người dân, ông Trịnh Thế Trường - Chủ tịch kiêm Giám đốc Công ty TNHH Một thành viên Khai thác công trình thủy lợi Bắc Hưng Hải đề nghị Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội, Hưng Yên, Bắc Ninh, Hải Dương tăng cường giám sát, quan trắc chất lượng nước và đưa ra thông tin dự báo, cảnh báo về ô nhiễm nước mặt cho các địa phương và người dân chủ động lấy nước phục vụ sản xuất nông nghiệp, nuôi trồng thủy sản. UBND các huyện, xã chủ động cập nhật, nắm bắt thông tin ô nhiễm nước trên địa bàn, cung cấp và chia sẻ thông tin về chất lượng nước đến người dân và các tổ chức để chủ động trong việc sử dụng nước cho sản xuất nông nghiệp, nuôi trồng thủy sản...
Công ty Bắc Hưng Hải hiện đang quản lý 232,68 km kênh trục chính và 491 km bờ kênh chính, có nhiệm vụ đảm bảo tưới cho 110.000 ha đất canh tác lúa màu và cây công nghiệp; tạo nguồn cấp nước phục vụ chăn nuôi gia súc, gia cầm; nuôi trồng thuỷ sản, diện tích 12.000 ha. Hệ thống Bắc Hưng Hải còn tạo nguồn cấp nước sinh hoạt cho hơn 3 triệu người dân và các khu công nghiệp tập trung và cơ sở sản xuất tiểu thủ công nghiệp trong vùng, diện tích khoảng 4.300 ha.
Cùng đó, Bắc Hưng Hải còn đảm nhiệm tiêu nước, chống ngập úng cho diện tích phía trong đê là 192.045 ha, bảo vệ dân sinh, sản xuất nông nghiệp và các cơ sở kinh tế khác ở các địa phương thuộc 4 tỉnh, thành phố gồm: Hải Dương, Hà Nội, Hưng Yên và Bắc Ninh.