Theo văn bản của Bộ Giao thông Vận tải, thực hiện chủ trương giảm giá dịch vụ sử dụng đường bộ cho các phương tiện lân cận trạm thu giá, trên cơ sở kiến nghị của tỉnh Khánh Hòa và sự đồng thuận của nhà đầu tư dự án xây dựng công trình mở rộng Quốc lộ 1 đoạn Km1374+525-Km1392 và Km1405-Km1425+500, tỉnh Khánh Hòa theo hình thức hợp đồng BOT, Bộ Giao thông Vận tải đã chấp thuận giảm giá cho các phương tiện lân cận trạm thu phí và chấp thuận mở rộng phạm vi, đối tượng giảm giá.
Tuy phạm vi, đối tượng và mức giảm giá tại trạm thu phí Ninh Lộc chưa đáp ứng hoàn toàn theo yêu cầu của người dân, doanh nghiệp trên địa bàn nhưng đã là mức tối đa theo chủ trương chung của Bộ Giao thông Vận tải áp dụng cho tất cả các trạm thu phí trên cả nước. Việc giảm giá cho các phương tiện khu vực lân cận trạm thu giá cần đảm bảo tính thống nhất, tương đồng giữa các trạm trên cả nước.
Bộ Giao thông Vận tải cũng cho biết, theo báo cáo của Công ty cổ phần đầu tư BOT Đèo Cả Khánh Hòa (nhà đầu tư dự án) vào các ngày 1 và 2/5 vừa qua đã xảy ra tình trạng có khoảng 10-20 xe thường xuyên dừng đỗ trước trạm không chịu mua vé, cố tình cản trở gây ách tắc giao thông trên Quốc lộ 1, nghiêm trọng hơn là có hành động quá khích, đập phá cabin thu vé, hành hung nhân viên trạm.
Thực hiện sự chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Công điện số 82/2018 về việc đảm bảo an ninh trật tự tại các trạm thu giá dịch vụ sở dụng đường bộ theo hình thức hợp đồng BOT, Bộ Giao thông Vận tải đề nghị tỉnh ủy, UBND tỉnh Khánh Hòa chỉ đạo giải quyết triệt để tình hình mất an ninh trật tự tại trạm thu giá Ninh Lộc, có biện pháp xử nghiêm những đối tượng cố tình vi phạm pháp luật, có hình vi cản trở giao thông, kích động, gây mất trật tự xã hội; Đồng thời chỉ đạo cơ quan chức năng phối hợp với Công ty cổ phần đầu tư BOT Đèo Cả Khánh Hòa tổ chức tuyên truyền để các tổ chức, cá nhân trên địa bàn hiểu và thực hiện đúng chủ trương, chính sách pháp luật của Nhà nước.
Ngoài ra, Bộ Giao thông Vận tải cũng yêu cầu Tổng cục Đường bộ Việt Nam phối hợp với Công ty cổ phần đầu tư BOT Đèo Cả Khánh Hòa cung cấp cho Bộ Công an, công an địa phương các hồ sơ, tài liệu có liên quan đến đối tượng cố tình vi phạm, những lái xe có hành vi cản trở giao thông, các tổ chức, cá nhân có hành vi gây mất trật tự xã hội; Tổ chức phân luồng giao thông hợp lý, duy trì trật tự an toàn giao thông khu vực trạm thu giá, đảm bảo giao thông thông suốt.