Theo nội dung phối hợp, trong công tác tham mưu giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, hai cơ quan này tham vấn ý kiến lẫn nhau trong quá trình đề xuất, xây dựng các đề án, dự án, văn bản quy phạm pháp luật trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ liên quan đến chức năng, nhiệm vụ của hai cơ quan. Khi thẩm tra các đề án, dự án, văn bản quy pháp luật do Bộ Công thương trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, hai cơ quan chủ động trao đổi thông tin, kịp thời cung cấp hồ sơ, tài liệu liên quan bảo đảm tiến độ xử lý công việc. Phối hợp rà soát các nhiệm vụ Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Công thương. Trường hợp cần thiết, đề xuất Chính phủ Thủ tướng Chính phủ ban hành các chủ trương, chính sách tháo gỡ khó khăn, vướng mắc của ngành Công thương.
Về phối hợp trong công tác xây dựng Chính phủ điện tử, hai bên trao đổi triển khai Quyết định 28/2018/QĐ-TTg ngày 12/7/2018 của Thủ tướng Chính phủ về việc gửi, nhận văn bản điện tử giữa các cơ quan trong hệ thống hành chính nhà nước, trong đó sẽ gửi, nhận văn bản hoàn toàn điện tử (trừ văn bản mật) giữa hai cơ quan. Phối hợp triển khai Đề án Cổng Dịch vụ công quốc gia, trong đó bảo đảm việc kết nối, chia sẻ dữ liệu giữa Cổng dịch vụ công, Hệ thống thông tin một cửa điện tử Bộ Công Thương với Cổng Dịch vụ công quốc gia và tích hợp các dịch vụ công trực tuyến mức độ 3, 4 theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ.
Hai cơ quan cũng phối hợp, trao đổi, hỗ trợ nâng cao hiệu quả, chất lượng triển khai các nhiệm vụ liên quan đến kiểm soát thủ tục hành chính, bao gồm: Công bố, công khai thủ tục hành chính, rà soát đơn giản hóa thủ tục hành chính, cắt giảm điều kiện kinh doanh, kiểm tra chuyên ngành...
Phát biểu tại Lễ ký kết, Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Mai Tiến Dũng nhấn mạnh, việc gắn kết giữa các cơ quan trong thực hiện nhiệm vụ được Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ giao là yếu tố quan trọng thúc đẩy sự thành công của Chính phủ. Điều này đặc biệt có ý nghĩa trong giai đoạn hiện nay khi hai cơ quan đang triển khai nhiều nhiệm vụ quan trọng, tác động to lớn đến sự phát triển của đất nước. Trong đó, xây dựng Chính phủ điện tử và cải cách thủ tục hành chính được Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ đặc biệt quan tâm, thường xuyên chỉ đạo sát sao. Việc ký kết Quy chế phối hợp trong công tác tham mưu giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, xây dựng Chính phủ điện tử và cải cách thủ tục hành chính giữa hai cơ quan là dấu ấn thể hiện mong muốn nâng cao chất lượng công tác phối hợp từ cả hai phía, góp phần nâng cao hiệu quả quản lý, điều hành và thực hiện nhiệm vụ được Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ giao.
Bộ trưởng Bộ Công Thương Trần Tuấn Anh cũng cho biết: Việc phối hợp giữa hai bên sẽ góp phần để công tác tham mưu cho Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ đạt hiệu quả cao hơn. Hai cơ quan cam kết quyết tâm thực hiện Quy chế phối hợp đạt hiệu quả cao nhất, hướng tới sự hợp tác thực chất, mang tính hiệu quả để đóng góp chung vào sự chỉ đạo, điều hành hiệu quả của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, đóng góp vào sự phát triển bền vững của đất nước.