Trước đó, vào cuối năm 2016, Thanh tra tỉnh Nghệ An tiến hành kiểm ra về công tác quản lý tài chính ngân sách, đầu tư xây dựng cơ bản tại Trường Đại học Y khoa Vinh; qua kiểm tra công tác quản lý đầu tư mua sắm thiết bị và xây dựng cơ bản của trường đã phát hiện nhiều sai phạm. Cụ thể, trong 2 năm 2014 - 2015, Trường Đại học Y khoa Vinh được cấp 63.139.175.000 đồng để mua sắm trang thiết bị. Tuy nhiên quá trình triển khai, nhà trường đã mua sắm một số trang thiết bị có giá tiền chênh lệch nhiều hơn giá thị trường với tổng số tiền là 2.033.000.000 đồng, gây thất thoát cho ngân sách Nhà nước.
Trong lĩnh vực xây dựng công trình, trong hai năm 2014 -2105, nhà trường tiến hành xây dựng 3 công trình cơ bản với tổng mức đầu tư là 226.560.000.000 đồng. Qua kiểm tra, đoàn thanh tra đã phát hiện công trình Khu nhà ở sinh viên và công trình Khu thực hành tiền lâm sàng có nhiều sai sót trong dự toán tính khối lượng, đơn giá; nhà thầu xây lắp thi công thiếu khối lượng, sai chủng loại vật tư một số hạng mục công trình với tổng số tiền 3.623.140.000 đồng.
Bên cạnh đó, nhà trường thực hiện kê khai, hạch toán không đầy đủ số phí phải nộp đối với khoản thu phí trông giữ xe. Trường kê khai không đầy đủ doanh thu và áp dụng sai thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp đối với khoản thu từ hoạt động ký túc xá cho sinh viên thuê, hoạt động dịch vụ Phòng khám đa khoa Trường Đại học Y khoa Vinh với tổng số tiền các khoản là 142.149.173 đồng.
Các sai phạm trên trách nhiệm thuộc về ông Nguyễn Trọng Tài, nguyên Hiệu trưởng nhà trường. Bên cạnh đó, còn liên quan đến chủ đầu tư, nhà thầu thi công, các đơn vị tư vấn thiết kế, tư vấn giám sát và một phần vi phạm thuộc về hội đồng mua sắm tài sản và Công ty Cổ phần giám định và thẩm định tài sản Việt Nam.
Ông Nguyễn Cảnh Phú – Hiệu trưởng trường Đại học Y khoa Vinh cho biết: Ngay khi nhận được kết luận thanh tra của Thanh tra tỉnh, Ban giám hiệu nhà trường đã họp và xem xét hình thức xử lý thích hợp. Sau khi có ý kiến của các bên liên quan, Hội đồng kỷ luật nhà trường đã ra quyết định kỷ luật ông Nguyễn Trọng Tài với hình thức khiển trách. Các phòng ban liên quan như Phòng kế toán, Phòng quản trị và Phòng khám đa khoa cũng đã họp kiểm điểm nghiêm túc và nhận trách nhiệm về sai phạm.
Về kỷ luật Đảng, tại cuộc họp của Chi bộ Y học lâm sàng hệ ngoại đã thống nhất mức kỷ luật Đảng ông Nguyễn Trọng Tài với hình thức khiển trách.
Ngoài nghiêm túc xử lý những vi phạm của cá nhân liên quan, nhà trường cũng đã phối hợp với nhà thầu để rút kinh nghiệm và khắc phục hậu quả. Hiện tất cả số tiền mà nhà trường chưa thực hiện nghĩa vụ đầy đủ hoặc để xảy ra sai sót đã được trừ vào quyết toán tài chính hoặc nộp lại cho tỉnh Nghệ An thông qua tài khoản tạm giữ của thanh tra.