Quỹ vaccine phòng COVID-19 được thành lập ngày 26/5/2021 theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ. Ngay sau khi có quyết định thành lập, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 41/2021/TT-BTC hướng dẫn về tổ chức hoạt động, quản lý, sử dụng và chế độ kế toán, hạch toán, quyết toán, công khai tài chính Quỹ vaccine phòng COVID-19; trong đó, đã quy định các khoản ủng hộ của các tổ chức, doanh nghiệp được tính vào chi phí hợp lệ được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp.
Bộ Tài chính đã thành lập ngay Ban quản lý Quỹ vaccine phòng COVID-19 đặt tại Kho bạc Nhà nước và mở tài khoản ngay để tiếp nhận sự ủng hộ của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước. Đồng thời, công khai số tài khoản và số điện thoại để hướng dẫn thuận lợi nhất cho người ủng hộ chuyển tiền.
Bộ Tài chính xác định, ngân sách nhà nước vẫn đóng vai trò chủ đạo và là chủ yếu, còn quỹ hỗ trợ thêm trong việc mua vaccine để phòng, chống COVID-19 cho người dân.
Bộ trưởng Bộ Tài chính Hồ Đức Phớc cho biết, Bộ Tài chính xác định trách nhiệm quản lý chặt chẽ, minh bạch và sử dụng Quỹ vaccine phòng COVID-19 đảm bảo tiết kiệm, hiệu quả để phục vụ phòng chống dịch tốt nhất theo Thông tư số 41/2021/TT-BTC.
Khi có quyết định của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tài chính sẽ cấp ngân sách cho Bộ Y tế và Bộ Y tế chịu trách nhiệm mua vaccine và tiêm cho người dân. Sau đó, Bộ Y tế chịu trách nhiệm gửi hồ sơ cho Bộ Tài chính để Bộ Tài chính công khai trên Cổng thông tin của Bộ và Kho bạc Nhà nước.